1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...actagtgcttattaccctgtttagcttgtagttattttaaaatgccatggcttttaccaattcataacgaacaatcaacaatctttgtttttcttttcagTATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGATAAGATTCTTGCTAAAAGTCAAACTGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g28570.1 |
intron # | 14 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAG TATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCEST: gi|29670808|gb|CB667083.1|CB667083
genomic: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAGgtatggttga ... ttcttttcagTATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGC
EST: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAG TATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGATEST: gi|66913912|gb|CX100760.1|CX100760
genomic: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAGgtatggttga ... ttcttttcagTATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGAT
EST: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAG TATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGATEST: gi|86907581|gb|CI296578.1|CI296578
genomic: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAGgtatggttga ... ttcttttcagTATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGAT
EST: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAG TATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGATEST: gi|3766964|gb|AU031074.1|AU031074
genomic: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAGgtatggttga ... ttcttttcagTATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGAT
EST: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAG TATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGATEST: gi|29675620|gb|CB671895.1|CB671895
genomic: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAGgtatggttga ... ttcttttcagTATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGAT
EST: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAG TATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGAT
genomic: ATGCACTTGCAGTCCATGGACGCCTTATTGTAATTGGTATGATCTCCCAGgtatggttga ... ttcttttcagTATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGAT
catggcttttaccaattcataacgaacaatcaacaatctttgtttttcttttcagTATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGATAAGATTCTTGCTAAAAGTCAAACTGTG
tcataac putative branch site (score: 36)
tctttgtttttctttt putative PPT
tttgtttttctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| actagtgcttattaccctgtttagcttgtagttattttaaaatgccatggcttttaccaattcataacgaacaatcaacaatctttgtttttcttttcagTATCAAGGAGAGCATGGATGGAAGCCACGGAACTACACTGGACTATGTGATAAGATTCTTGCTAAAAGTCAAACTGTG
-ctagtgc
- - - - - - taccctg
- - - - - - - - - - - -gcttgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaacaat