Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgatattttattgtttatcagcgttatgcaatcagactgttatgtattatattatgttcagtaataaattgagactcggtttccttatgaaatttctgtacagGCTGGAAAAGTGAAGTTCAAGAATATTTCATGGGCTATCGCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g34060.3
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29680173|gb|CB676448.1|CB676448
EST:     AATCCTTTGAAGATGAGGATAGTGATGACGATGATGATATGATTCCTAAG                         GCTGGAAAAGTGAAGTTCAAGAATATTTCATGGGCTATCGCAG
genomic: AATCCTTTGAAGATGAGGATAGTGATGACGATGATGATATGATTCCTAAGgtgatatttt ... ttctgtacagGCTGGAAAAGTGAAGTTCAAGAATATTTCATGGGCTATCGCAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atattatgttcagtaataaattgagactcggtttccttatgaaatttctgtacagGCTGGAAAAGTGAAGTTCAAGAATATTTCATGGGCTATCGCAG
                                            tttctgt  CT-rich tract
        ttcagtaataaatt  TA-rich tract