Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcattcatttgtccccagatctctgcctgttcttctccttcaaattctagttttcagattagcttctctctcaacatttatgatgtcctatcccctattggggctctcttggttgacttgagatttttgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGGGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g49270.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g49270.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G134396_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 13
----------------------------------------------------------gtatcattcatttgtccccagatctctgcctgttcttctccttca-------aattctagttttcagattagcttctctctcaacatttatgatgtcctatcccctattggggctctcttggttgacttgagattt-ttgtga-tgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGGGAG
                                                           ||  ||    |       ||||    |   ||  || |  ||||       |||| ||| || ||| |||||||||   |||||||| ||             ||  |     |    ||||| | |||| |||| ||| ||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gtacatctttttgtgcatgaagttcttcatcatgtgctcattttaggataagtaacacataaaatcttctgaaaaaaagataatagtgcgtgtttttttttcataaaataaattttagcttgcag-ttagcttcttgttcaacattcat-------------ctggttaaattacaatggttaatttgaaatttgttgagagcgcagCTTCGTGAGTCCAAGGGCATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58694980|gb|CK083667.1|CK083667
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|86871926|gb|CI332098.1|CI332098
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|86599171|gb|CI355788.1|CI355788
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|29671780|gb|CB668055.1|CB668055
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88276104|gb|CI396708.1|CI396708
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|33675288|gb|CF303527.1|CF303527
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|29663749|gb|CB660024.1|CB660024
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88901869|gb|CI374477.1|CI374477
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAGACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|58593125|gb|CF991433.1|CF991433
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88265236|gb|CI369010.1|CI369010
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88906500|gb|CI375572.1|CI375572
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|86602782|gb|CI357146.1|CI357146
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88970069|gb|CI383571.1|CI383571
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88263167|gb|CI366941.1|CI366941
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88835899|gb|CI371004.1|CI371004
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|163926592|gb|EG713608.1|EG713608
EST:     TTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: TTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88839179|gb|CI378103.1|CI378103
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|89196317|gb|CI397319.1|CI397319
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|86889206|gb|CI315817.1|CI315817
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACCTGTGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACAC-TGTGG
EST: gi|86883261|gb|CI328682.1|CI328682
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 57 (downstream exon)
Score: 46

AAAACACATGCCTACACCTGAGCAATGGACTAATGTTTTCAATCCAGCATATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGGGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtcctatcccctattggggctctcttggttgacttgagatttttgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGGGAG
                            ggttgac  putative branch site (score: 46)
                                         tttttgt  putative PPT
                                      agattttt  TA-rich tract