Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattttctcaatgtcacctttcagtctttctatagccactgagttctagatgtgccctgatcatgttgctttatgatgggcagaatgtctgatggattaacaattttgttgtgatgttagATTCAGCAAAAGATGTTGGAAAATGGAGATATGGTTGCAAACGACGATGAAATCACCCCAACAGTCTTGGTTCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g06820.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|428791|gb|D24947.1|D24947
EST:     TGATTGATCAAAATATTGCTGATGAAGATGTTGATCATTACCTGGAAAAG                         ATTCAGCAAAAGATGTTGGAAAATGGAGATATGGTTGCAAACGACGATGAA
genomic: TGATTGATCAAAATATTGCTGATGAAGATGTTGATCATTACCTGGAAAAGgtattttctc ... gtgatgttagATTCAGCAAAAGATGTTGGAAAATGGAGATATGGTTGCAAACGACGATGAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgctttatgatgggcagaatgtctgatggattaacaattttgttgtgatgttagATTCAGCAAAAGATGTTGGAAAATGGAGATATGGTTGCAAACGACGATGAAATCACCCCAACAGTCTTGGTTCAG
                             gattaac  putative branch site (score: 2)
                              attaacaattttgtt  TA-rich tract