Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtccctcattatgttgttttctctaaaaatatgcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacacttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g49270.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g49270.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G077546_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
gtatgtccctcattatgttgttttctctaaaaatatgcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacacttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG----------------------------------------
||| |||  |||   |    |||| ||| || || |   |   | || ||||| |||| |   |   | ||  | |  | ||||  |  |||||| ||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||                                        
gtaagtctgtca--gttacattttatctgaacattttgtttttagatgtggaatctgtcaagtagttttttttcccaaatacttggtccagGCTTATGTCATTGCCTTCTGCTTCGGCATGGGTGCCATTCCATGGATCATTATGTCTGAGGTATAGTACCTCAACACATGAGATGCTTGAGACACATGCT

upper sequence: LOC_Os05g49270.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G098679_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
gtatgtccctcattatgttgttttctctaaaaatatgcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacacttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG
||| |||  |||  |     |||| | | || || ||| |   |||| ||||| || || | | || | ||  | |  | ||||  || |||||| ||| |  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||
gtaagtctgtca--actacattttatatgaacat-tgctttctaaatttggaatctatg-ccgtaattttttgcccaaatactttgttcagGCTTATGTCACTGCCTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGGCTGAG

upper sequence: LOC_Os05g49270.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G160460_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
gtatgtccctcattatgttgttttctctaaaaatatgcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacacttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG
||| |||  |||  ||   ||||   |  || || | | |   | || | ||| ||||| ||| || | |   |||  | ||||| || |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
gtaagtctgtca--attgcgtttcagcagaacat-ttctttttacatgtagaatctgtg-cagtaagtttcttctcaaatacttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATAATGTCTGAG

upper sequence: LOC_Os05g49270.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G160504_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
gtatgtccctcattatgttgttttctctaaaaatatgcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacactt-----catttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG
||||||  |      | ||||||  ||| |||| ||| || ||| || ||||| || || ||  ||||  |||| ||| ||  |       || || ||||||| ||  ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||
gtatgtgtc----agttttgtttcttctgaaaaaatggat-acagatgtggaacctatgcca--aaataatgacccgtgcaactgtatatgttcagTCTTTTGTCATTACCTTCTCGTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGCTCATGATGTCTGAG

upper sequence: LOC_Os05g49270.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G077546_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
gtatgtccctcattatgttgttttctctaaaaatatgcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacacttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG
||| |||  |||   |    |||| ||| || || |   |   | || ||||| |||| |   |   | ||  | |  | ||||  |  |||||| ||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||
gtaagtctgtca--gttacattttatctgaacattttgtttttagatgtggaatctgtcaagtagttttttttcccaaatacttggtccagGCTTATGTCATTGCCTTCTGCTTCGGCATGGGTGCCATTCCATGGATCATTATGTCTGAG

upper sequence: LOC_Os05g49270.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G028570_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
gtatgtccctcattatgttgttttctctaaaaatatgcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacacttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG
||| ||   ||  |      |||| |||||| || ||  |   |||| |  ||  |||  || ||  | ||  | |  | ||||| ||||||||| ||| |  || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||
gtaagtatgtcgattacaaattttatctaaacat-tggtttttaaatttcaaacatgtaccataa--ttttctcccaaatacttcgtttagGCTTGTGTCACTGCTTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGGCTGAG

upper sequence: LOC_Os05g49270.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G160430_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 13
---------------gtatgtccctcattatgttgttttctctaaaaatatgcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacacttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG
               |   ||    |  |      |||  ||  || |  || ||   | || ||||| ||||     ||  | ||  | |    ||||  || |||||| ||| |  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
agtgtgggctaggccgggggttggacgctgacacatttcgtccgaacac-tggattttagatgtggaatctgt-----aagttttttgcccaactactttgttcagGCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCATGGATCATAATGTCTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87009920|gb|CI277421.1|CI277421
EST:     ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTG                         GCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|86541299|gb|CI181505.1|CI181505
EST:     CTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTG                         GCTTTCGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: CTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|86501749|gb|CI144382.1|CI144382
EST:     ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTG                         GCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|87021810|gb|CI277977.1|CI277977
EST:     ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTG                         GCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|86890215|gb|CI321392.1|CI321392
EST:     ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTG                         GC-TTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|29687040|gb|CB683315.1|CB683315
EST:     ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTG                         GCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|88502203|gb|CI429709.1|CI429709
EST:     GATCTCCTTGGTTGCTCTTGTG                         GCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: GATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|86887575|gb|CI294209.1|CI294209
EST:     ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTG                         GCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|88975788|gb|CI024039.1|CI024039
EST:     ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTG                         GCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|86903200|gb|CI313563.1|CI313563
EST:     TGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTG                         GCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: TGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|86890239|gb|CI321416.1|CI321416
EST:     ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTG                         GCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 63 (upstream exon), 60 (downstream exon)
Score: 15

GATAGCATTTCACAAGATTCTCACATGTACTACACCTTAAGTATGATCTCCTTGGTTGCTCTTGTGgtatgtccct ... cttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacacttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG
                               tgttgac  putative branch site (score: 15)
                                             cttcattt  putative PPT
     acaaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtccctcattatgttgttttctctaaaaatatgcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacacttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA