Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttattcaatctcccatcatctttttcacttcccagtttcttttgtatgaatgatcttccaggggtgtatactgatagcgtcagctaccaatttttagGCTGCTCAAGGGCTAAGGGAGAGCATACAAAAGTTGAAACTTCTCCATGGTTCAGGCATTACAGCTTTGGATAGTTTAGCAGGTGAAATTGACATGAACT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g02670.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|56157706|gb|C25877.2|C25877
EST:     TCAAAGAAATGGAAGATGATATGCAATCCTTTGTATCTTCAAAAGATGAG                         GCTGCTCAAGGGCTAAGGGAGAGCATACAAAAGTTGAAACTTCTCCATGGT
genomic: TCAAAGAAATGGAAGATGATATGCAATCCTTTGTATCTTCAAAAGATGAGgttattcaat ... caatttttagGCTGCTCAAGGGCTAAGGGAGAGCATACAAAAGTTGAAACTTCTCCATGGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatgaatgatcttccaggggtgtatactgatagcgtcagctaccaatttttagGCTGCTCAAGGGCTAAGGGAGAGCATACAAAAGTTGAAACTTCTCCATGGTTCAGGCATTACAGCTTTGGATAGTTTAGCAGGTGAAATTGACATGAACT
                          tactgat  putative branch site (score: 2)
                                                ttttt  putative PPT
                                              aattttta  TA-rich tract