Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactttacacaaatattcaatgtacatttatgtgtatgtatatacatttggcaacatgctaaccatgccatttttttcttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g50480.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 14
---gtactttacacaaatattcaatgtacatttatgtgt-atgtatatacatttggcaacatgctaaccatgccatttttttcttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA
    | | ||      | ||      | ||| |||||   |  | | |    |    | ||| ||||  |   ||||  ||| ||  |||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||
gtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaata---cattagtttgtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
gtactttacacaaatattcaatgtacat-ttatgtgtatgtat-atacattt--ggcaacatgctaaccatgcca-tttttttcttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA
||||||    |   | ||  |  | |   ||   | ||||||  |    |||  |  | ||| ||||     | | ||||||| ||  |||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||
gtacttc---cttttttttgacatgccccttgcatatatgtaccacctgtttaagatatcattctaaatgcacaagtttttttttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
gtactttacacaaatattcaatgtacatttatgtgtatgtatatacatttggcaacatgctaaccatgccatttttttcttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA
|||   || ||   ||   ||| |    || |  | |   | | |  || |   |  |  ||||     ||  || |||||   ||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| |  | ||||   | || || |||||| | || ||||| ||
gtatgatatac---tacctaattttttgttcta-gcaaaaaga-atcttggagtatcttttaactggttcaaattattctt---gaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTTCAATCTTCCCTTCCAGAAGTTAATAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29671541|gb|CB667816.1|CB667816
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|428348|gb|D24496.1|D24496
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|15853002|gb|BI805798.1|BI805798
EST:     CCATTATTA-AC-CGATATG-CTATGAG                         AATGTTGAT-CTGGA-CTGCTAAAGAACGGATGGC-AACCTTGTCAGCAT-
genomic: CCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|29682385|gb|CB678660.1|CB678660
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGATCTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|29689599|gb|CB685874.1|CB685874
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|55438389|gb|CV732490.1|CV732490
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|86494207|gb|CI136840.1|CI136840
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|29671585|gb|CB667860.1|CB667860
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|86494708|gb|CI137341.1|CI137341
EST:     CGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: CGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|58663518|gb|CK052204.1|CK052204
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAA
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAA
EST: gi|7332534|gb|AU085880.1|AU085880
EST:     ACTTGGGGGTACTNAATGGCCGCCATTATTATACNCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGA-CTGCTAAAGAACTTATGNCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AC-T-GGGGTACT-TATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|10931022|gb|AU161296.1|AU161296
EST:     TTATGGTCGCCATTATTATACNCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGAAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: TTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|33380770|gb|CF196113.1|CF196113
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCNNNNNNACTTATGGCNNNCCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|29618781|gb|CB623793.1|CB623793
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|29614792|gb|CB619805.1|CB619805
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|29664694|gb|CB660969.1|CB660969
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
EST: gi|33381212|gb|CF196555.1|CF196555
EST:     AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG
genomic: AGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttaca ... cttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatgtatatacatttggcaacatgctaaccatgccatttttttcttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA
                        tgctaac  putative branch site (score: 1)
                              ccatgccatttttttc  CT-rich tract
      tatatacattt  TA-rich tract