Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcaaactgtagaatgggagtatctctagagatagagacgtatatagtagttcttcatgataaactgttcttttaccaatgatgcatgccctgttgaatagGTTTAGTCCAGATGCCATAGTCTTCAACTCATGGCAGCACTATGGATGTCCAAACTACTGGATGCTACACTTCTTCAAGGACTCAAGTGGTGCAACACTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g20420.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g20420.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G120132_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gcaaactgtaga-atgggagtatctctagagatagagacgtatatagtagttcttcatgataa-actgttcttttaccaatgatgcatgccctgttgaatagGTTTAGTCCAGATGCCATAGTCTTCAACTCATGGCAGCACTATGGATGTCCAAACTACTGGATGCTACACTTCTTCAAGGACTCAAGTGGTGCAACACTT
       ||| |  ||   || |   |  | || |  ||   | |    || ||| | |||   |    | ||| || ||  || | ||| | | |  ||||||  |  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    ||||||||| || ||||| || || ||||||
-------gtaaatgtgaatgtttacttctacatggtaac---tgtgtgtgtacttgacgatgtcatcaatatttaacaaaaaatac-tgctc-gcttgatagGTGGAACCCAGATGCTATAGTCTTTAACTCATGGCAGCACTATGGATGTCCAAATTACTGGATGCGGGTCTTCTTCAAAGATTCAAGCGGCGCTACACTT

upper sequence: LOC_Os03g20420.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G180889_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gcaaactgtaga-atgggagtatctctagagatagagacgtatatagtagttcttcatgataa-actgttcttttaccaatgatgcatgccctgttgaatagGTTTAGTCCAGATGCCATAGTCTTCAACTCATGGCAGCACTATGGATGTCCAAACTACTGGATGCTACACTTCTTCAAGGACTCAAGTGGTGCAACACTT
       ||| |  ||   || |   |    || |  ||   | |    ||  || | |||   |    | ||| || ||  || | ||| | | |  ||||||  |  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||  | || ||||||
-------gtaaatgtgaatgtttacttctgcatggtaac---tgtgtctgtatttgacgatgtcatcaatatttaacaaaaaatac-tgctc-gcttgatagGTGGAACCCAGATGCTATAGTCTTTAACTCATGGCAGCACTATGGATGTCCAAATTACTGGATGCTGCACTTTTTCAAAGATTCAAGCAGCGCCACACTT

upper sequence: LOC_Os03g20420.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G131440_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gcaaactgtaga-atgggagtatctctagagatagagacgtatatagtagttcttcatgataaactgttcttttaccaatgatgcatgccctgttgaatagGTTTAGTCCAGATGCCATAGTCTTCAACTCATGGCAGCACTATGGATGTCCAAACTACTGGATGCTACACTTCTTCAAGGACTCAAGTGGTGCAACACTT
       ||| |  ||   || |   |    || |  ||   | |    || ||| | |||    |     |||| |||  |   ||  |  | |  ||||||  |  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| || ||||| || || ||||||
-------gtaaatgtgaatgtttacttttgcatggtaac---tgtgtctgtacttgacgatgccatcaatatttaacaacaa-atattgctcgcttgatagGTGGAACCCAGATGCTATAGTCTTTAACTCATGGCAGCACTATGGATGTCCAAATTACTGGATGTTGCACTTCTTCAAAGATTCAAGCGGCGCTACACTT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86437525|gb|CI119247.1|CI119247
EST:     GTCGAGATGGCAAGTTGTGCTCCACTCTTCATAAATGACAACGATCGCGG                         GTTTAGTCCAGATGCCATAGTCTTCAACTCATGGCAGCACTATGGATGTCC
genomic: GTCGAGATGGCAAGTTGTGCTCCACTCTTCATAAATGACAACGATCGCGGgtaaattgtc ... tgttgaatagGTTTAGTCCAGATGCCATAGTCTTCAACTCATGGCAGCACTATGGATGTCC
EST: gi|29680538|gb|CB676813.1|CB676813
EST:     TGGAGATGGCAAGTTGTGCTCCACTCTTCATAAATGACAA-GATTCGCGG                         GTTTAGTCCAGATGCCATAGTCTTCAACTCATGGCAGCACTATGGATGTC
genomic: TCGAGATGGCAAGTTGTGCTCCACTCTTCATAAATGACAACGA-TCGCGGgtaaattgtc ... tgttgaatagGTTTAGTCCAGATGCCATAGTCTTCAACTCATGGCAGCACTATGGATGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtagttcttcatgataaactgttcttttaccaatgatgcatgccctgttgaatagGTTTAGTCCAGATGCCATAGTCTTCAACTCATGGCAGCACTATGGATGTCCAAACTACTGGATGCTACACTTCTTCAAGGACTCAAGTGGTGCAACACTT
                                          ccctgtt  CT-rich tract
          atgataaa  TA-rich tract