Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgttttatgttcaactgaaaactaataatttcacctagttgactttgacatggactgcataccatttcaaacttctcgctgagtatagatgctatgaccagGTTACTTCCATGTGCGGTTGAGCATCTAAATGCAGAGATTGTTCAGCTGACGGTGTCTGATATAACTTTGGCTATTGAGTGGCTCAAGTGCTCGTATTTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g40450.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g40450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G346278_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtaagtgttttatgttcaactgaaaactaat----------aatttcacctagttg-actttgacatggactgcataccatttcaaacttctcgctgagtatagatgctatg--------accagGTTACTTCCATGTGCGGTTGAGCATCTAAATGCAGAGATTGTTCAGCTGACGGTGTCTGATATAACTTTGGCTATTGAGTGGCTCAAGTGCTCGTATTTG
||||||| || || |  ||    |||||| |          | |||||||||     |   ||| ||| ||||||||  ||||   ||||||  |  |||||| || |||          |||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||| || ||||| || | | ||||  |||||||| |||||||||||||||||
gtaagtgcttgatttctaatcagaaactagtgtctcatgtgattttcacctaaaaatagactgatatgaactgcatataattttgtacttctgaccaagtatatatactacataactaccaccagGTTGCTGTCATGTGCGGTGGAGCATCTAAATGCAGAAATCGTTCAGTTGACAGTATCTGACATCATTCTGGCGGTTGAGTGGATCAAGTGCTCGTATTTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gacatggactgcataccatttcaaacttctcgctgagtatagatgctatgaccagGTTACTTCCATGTGCGGTTGAGCATCTAAATGCAGAGATTGTTCAGCTGACGGTGTCTGATATAACTTTGGCTATTGAGTGGCTCAAGTGCTCGTATTTG
 ctttgac  putative branch site (score: 4)
                 atttcaaa  TA-rich tract