1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
gtatgtatattgccacaattttcttactatgatcaattcagaaatactttccatgtgacttgtttttgaaatgttttccaattttccttttttttaaaaaaaaatgtttgctccatgtcaattgttaaagtattacagtttataaccttgtatttgttttcagGACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAACTCAACAGTATGTCCCTTGTAGTGAACAGAACAGCAGTAAAGCAGCTGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g07070.1 |
intron # | 14 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCG GACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAAEST: gi|86539551|gb|CI179757.1|CI179757
genomic: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCGgtatgtatat ... ttgttttcagGACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAA
EST: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCG GACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAAEST: gi|33678914|gb|CF307153.1|CF307153
genomic: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCGgtatgtatat ... ttgttttcagGACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAA
EST: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCG GACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAAEST: gi|29629290|gb|CB634301.1|CB634301
genomic: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCGgtatgtatat ... ttgttttcagGACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAA
EST: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCG GACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAAEST: gi|11564749|gb|AU165385.1|AU165385
genomic: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCGgtatgtatat ... ttgttttcagGACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAA
EST: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCG GACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAAEST: gi|2443170|gb|C74941.1|C74941
genomic: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCGgtatgtatat ... ttgttttcagGACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAA
EST: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGNTGGAAATACCG GACTTTACTATGATGGTNATGCTGGAGTGTGGGTATTCATATGNATCAACAEST: gi|86539574|gb|CI179780.1|CI179780
genomic: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCGgtatgtatat ... ttgttttcagGACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGG-TATTCATATG-ATCAACA
EST: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCG GACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAA
genomic: TGGTTATTACTATGATTCAGCCTCAGGATTCTATTATGATGGAAATACCGgtatgtatat ... ttgttttcagGACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAA
tgctccatgtcaattgttaaagtattacagtttataaccttgtatttgttttcagGACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAACTCAACAGTATGTCCCTTGTAGTGAACAGAACAGCAGTAAAGCAGCTGG
ttataac putative branch site (score: 5)
tttgttttc putative PPT
ttaaagtattacagtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtatattgccacaattttcttactatgatcaattcagaaatactttccatgtgacttgtttttgaaatgttttccaattttccttttttttaaaaaaaaatgtttgctccatgtcaattgttaaagtattacagtttataaccttgtatttgttttcagGACTTTACTATGATGGTAATGCTGGAGTGTGGTATTCATATGATCAACAAACTCAACAGTATGTCCCTTGTAGTGAACAGAACAGCAGTAAAGCAGCTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG