Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgagtgactcaccagctctaaccatgttccagttttgcagttccttaaagccttactataccagatactaatgatacttgtttgtttcttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g40340.3
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58679221|gb|CK067908.1|CK067908
EST:     TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG                         AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
genomic: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
EST: gi|29680806|gb|CB677081.1|CB677081
EST:     TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG                         AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
genomic: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
EST: gi|29612947|gb|CB617960.1|CB617960
EST:     TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG                         AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGGATGTCT
genomic: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGGATGTCT
EST: gi|24208348|gb|AU225375.1|AU225375
EST:     TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG                         AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGGATGTCTAT
genomic: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGGATGTCTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttaaagccttactataccagatactaatgatacttgtttgtttcttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
                      tactaat  putative branch site (score: 1)
 cttgtttgtttctt  putative PPT
 ttactata  TA-rich tract