1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
...cttgagtgactcaccagctctaaccatgttccagttttgcagttccttaaagccttactataccagatactaatgatacttgtttgtttcttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g40340.2 |
intron # | 14 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGGTTATATAGCAATGATGATATGGAAGAG AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGEST: gi|58691100|gb|CK079787.1|CK079787
genomic: ATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
EST: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGEST: gi|29680847|gb|CB677122.1|CB677122
genomic: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
EST: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGEST: gi|38473714|gb|CF957846.1|CF957846
genomic: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
EST: GGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGEST: gi|58679221|gb|CK067908.1|CK067908
genomic: GGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
EST: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGEST: gi|29680806|gb|CB677081.1|CB677081
genomic: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
EST: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGEST: gi|88327344|gb|CI645125.1|CI645125
genomic: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
EST: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGEST: gi|29612947|gb|CB617960.1|CB617960
genomic: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
EST: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGGATGTCTEST: gi|24208348|gb|AU225375.1|AU225375
genomic: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGGATGTCT
EST: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAG AATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGGATGTCTAT
genomic: TGAGCCAGGCATTCCGATATGGGATATATAGCAATGATGATATGGAAGAGgtgtgtgttt ... ttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAGGATGTCTAT
cttaaagccttactataccagatactaatgatacttgtttgtttcttgaatgcagAATCAAGGGACACTTGAACGGGATGATGAG
tactaat putative branch site (score: 1)
cttgtttgtttctt putative PPT
ttactata TA-rich tract