Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacaaatgtatatttgatgaatcatttacaatttgctctatttgaattgatgttaattgttaatttcttaccttcagGTTGGCATTGAACTGGCACCCCGAGATTTTGTTATGGATTCTGCTTTCCCATTTCAAAAACAAGACATTATTAGCTTGGTACCAGTACACAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g23990.2
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g23990.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv15s0046g00740.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
----------------gtacaaatgtatatttgatgaatcatttacaat-ttgctc-tatttgaattga----tgttaattgttaatttcttaccttcagGTTGGCATTGAACTGGCACCCCGAGATTTTGTTATGGATTCTGCTTTCCCATTTCAAAAACAAGACATTATTAGCTTGGTACCAGTACACAAG
                 | |  | | | |  | ||| || ||      | ||||||  | | ||| |||    ||   ||| |   ||| |    ||||||| || ||||| || |  ||  | ||||||| |||||||||| | | ||| || |||||||  ||| ||||||||||||||||||| || |||
aaaacaaatatttgtaatgcttaggaaaaactcatggataataggtcttcttgctcacagtggaaatgagggctgacgattctgcctttttctttttcagGTGGGAATTGAGCTAGTTCCAAGGGATTTTGATATGGATTCTCCATACCCTTTCCAAAAACTTGACGTTATTAGCTTGGTACCAGTGCATAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catttacaatttgctctatttgaattgatgttaattgttaatttcttaccttcagGTTGGCATTGAACTGGCACCCCGAGATTTTGTTATGGATTCTGCTTTCCCATTTCAAAAACAAGACATTATTAGCTTGGTACCAGTACACAAG
                                          ttcttac  putative branch site (score: 2)
                                         tttcttaccttc  CT-rich tract
                tatttgaattgatgtt  TA-rich tract