Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attcttgtctgtgtgccttttttgtcctgtttgatatttcaatgcactccatgtcagtctgagtctgataattttgaccaacttcctctttaattaatagGTCACACCTGCTGGATATTCTAGGATGGCGTCCATGCTAACTGCTTGTTCACAGGGAAAATTGTTGGTTATACTTGAGGGAGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g06980.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86498642|gb|CI141275.1|CI141275
EST:     AATCTGCAGGATTTGATGCAGCGAGGGGTGACCCTCTGGGTTGTTGTGAT                         GTCACACCTGCTGGATATTCTAGGATGGCGTCCATGCTAACTGCTTGTTCA
genomic: TATCTGCAGGATTTGATGCAGCGAGGGGTGACCCTCTGGGTTGTTGTGATgtaagttcgt ... taattaatagGTCACACCTGCTGGATATTCTAGGATGGCGTCCATGCTAACTGCTTGTTCA
EST: gi|58586909|gb|CF985217.1|CF985217
EST:     TATCTGCAGGATTTGATGCAGCGAGGGGTGACCCTCTGGGTTGTTGTGAT                         GTCACACCTGCTGGATATTCTAGGATGGCGTCCATGCTAACTGCTTGTTCA
genomic: TATCTGCAGGATTTGATGCAGCGAGGGGTGACCCTCTGGGTTGTTGTGATgtaagttcgt ... taattaatagGTCACACCTGCTGGATATTCTAGGATGGCGTCCATGCTAACTGCTTGTTCA
EST: gi|29644494|gb|CB649501.1|CB649501
EST:     TATCTGCAGGATTTGATGCAGCGAGGGGTGACCCTCTGGGTTGTTGTGAT                         GTCACACCTGCTGGATATTCTAGGATGGCGTCCATGCTAACTGCTTGTTCA
genomic: TATCTGCAGGATTTGATGCAGCGAGGGGTGACCCTCTGGGTTGTTGTGATgtaagttcgt ... taattaatagGTCACACCTGCTGGATATTCTAGGATGGCGTCCATGCTAACTGCTTGTTCA
EST: gi|58665950|gb|CK054636.1|CK054636
EST:     TATCTGCAGGATTTGATGCAGCGAGGGGTGACCCTCTGGGTTGTTGTGAT                         GTCACACCTGCTGGATATTCTAGGATGGCGTCCATGCTAACTGCTTGTTCA
genomic: TATCTGCAGGATTTGATGCAGCGAGGGGTGACCCTCTGGGTTGTTGTGATgtaagttcgt ... taattaatagGTCACACCTGCTGGATATTCTAGGATGGCGTCCATGCTAACTGCTTGTTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actccatgtcagtctgagtctgataattttgaccaacttcctctttaattaatagGTCACACCTGCTGGATATTCTAGGATGGCGTCCATGCTAACTGCTTGTTCACAGGGAAAATTGTTGGTTATACTTGAGGGAGG
                                ccaacttcctcttt  CT-rich tract
 tctttaattaata  TA-rich tract