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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aacactcacagtaaactaacatctcatatcaaaactgttggtatgttcataaaattttagtggtgagaaataacattgattcttctatttctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGTAAAAAAATTCGGTGGCACAGTGCACATCTTTTCTTCAATGCATGTCTCT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g56480.3
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89182762|gb|CI114131.1|CI114131
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86883503|gb|CI338061.1|CI338061
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACCGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGG
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAA-CGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGG
EST: gi|88224189|gb|CI224038.1|CI224038
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88428005|gb|CI556899.1|CI556899
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88429886|gb|CI562697.1|CI562697
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86505661|gb|CI148294.1|CI148294
EST:     ATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACACGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: ATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACA-GATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88457668|gb|CI539464.1|CI539464
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86840851|gb|CI335043.1|CI335043
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86600311|gb|CI356068.1|CI356068
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86864162|gb|CI334008.1|CI334008
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88296986|gb|CI542698.1|CI542698
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88446697|gb|CI526530.1|CI526530
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86257435|gb|CI004252.1|CI004252
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86825581|gb|CI361755.1|CI361755
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88544532|gb|CI472636.1|CI472636
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88227542|gb|CI227022.1|CI227022
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86854586|gb|CI258879.1|CI258879
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCACCGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 61 (downstream exon)
Score: 36

GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGTAAAAAAATTCGGTGGCACAGTGCACATCTTTTCTTCAATGCATGTCTCT




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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcataaaattttagtggtgagaaataacattgattcttctatttctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGTAAAAAAATTCGGTGGCACAGTGCACATCTTTTCTTCAATGCATGTCTCT
                                  ttcttctatttctacc  CT-rich tract
                      aaataacattgatt  TA-rich tract