Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacatactgtttaaggttgtattcaaattagccatatcggtttgccagcgtaataatcttgtgacctgtttatatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCAAAACGTGCTGGCTGGGGTGTGATGACCAGTCACAGGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g14450.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g14450.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv16s0022g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
-------------gtacatactgtttaaggttgtattcaaattagccatatcggtttgccagcgtaataatcttgt---gacctgtttat-atggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCAAAACGTGCTGGCTGGGGTGTGATGACCAGTCACAGGAG
              ||  |||   | ||| ||| ||   |   | |  |     |         |   | |  |||   |||  |||||| || |   |||| || ||||| || || || |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||| | |||||| | ||
aaaaaaaaaaaaattatttacacatgaagattggatggcacagatctttgatcatcctttgaattggaacttctgtactgactagtttatgattggccagGTGAATCAAATCGGTTCAGTAACTGAGAGCATTGAAGCTGTGAAAATGTCTAAACGAGCTGGCTGGGGTGTTATGGCAAGTCACCGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86430870|gb|CI083293.1|CI083293
EST:     GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|8527321|gb|AU092136.1|AU092136
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86429290|gb|CI075971.1|CI075971
EST:     GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|89197132|gb|CI051862.1|CI051862
EST:     TCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: TCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88845546|gb|CI084471.1|CI084471
EST:     CAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: CAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|287175|gb|D15980.1|D15980
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86260061|gb|CI065934.1|CI065934
EST:     GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86525380|gb|CI165586.1|CI165586
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86538875|gb|CI179081.1|CI179081
EST:     GGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88219213|gb|CI220486.1|CI220486
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|33810065|gb|CF330920.1|CF330920
EST:     TAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: TAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86878119|gb|CI340660.1|CI340660
EST:     TGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: TGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86852115|gb|CI317860.1|CI317860
EST:     CAAGGCCGGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         G-TAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: CAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88829394|gb|CI074264.1|CI074264
EST:     GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|89184182|gb|CI046747.1|CI046747
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86413406|gb|CI067811.1|CI067811
EST:     GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|89184015|gb|CI046580.1|CI046580
EST:     CTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: CTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|27576854|gb|CA999548.1|CA999548
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88836429|gb|CI078326.1|CI078326
EST:     GCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86430946|gb|CI083369.1|CI083369
EST:     GCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86854613|gb|CI258906.1|CI258906
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88839949|gb|CI079403.1|CI079403
EST:     GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|5900716|gb|AU078371.1|AU078371
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|25799533|gb|CA755494.1|CA755494
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATGGGATCTGTTATTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|29678594|gb|CB674869.1|CB674869
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88829973|gb|CI074645.1|CI074645
EST:     CAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: CAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|9864951|gb|AU100701.1|AU100701
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88849664|gb|CI089770.1|CI089770
EST:     ACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: ACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|8528267|gb|AU093082.1|AU093082
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86852543|gb|CI320468.1|CI320468
EST:     ACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTTTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATCTCA
genomic: ACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|89195154|gb|CI051267.1|CI051267
EST:     ATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: ATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88974238|gb|CI019911.1|CI019911
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86535052|gb|CI175258.1|CI175258
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86430895|gb|CI083318.1|CI083318
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGACGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|87024296|gb|CI257037.1|CI257037
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88841649|gb|CI080905.1|CI080905
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|89184770|gb|CI048326.1|CI048326
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86251762|gb|CI018954.1|CI018954
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|33810063|gb|CF330919.1|CF330919
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88837682|gb|CI079042.1|CI079042
EST:     CAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: CAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86435388|gb|CI106621.1|CI106621
EST:     GGGTAGCCAAGGCAGTTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88837558|gb|CI078918.1|CI078918
EST:     AGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: AGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86415101|gb|CI069504.1|CI069504
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88840605|gb|CI080059.1|CI080059
EST:     AGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATGGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: AGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|89197240|gb|CI051970.1|CI051970
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88262264|gb|CI365840.1|CI365840
EST:     TAAGGACAAGGCC-GCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATT-GATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: TAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|5455544|gb|AU075759.1|AU075759
EST:     GGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|89175061|gb|CI041139.1|CI041139
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|218503770|gb|FG954179.1|FG954179
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88511459|gb|CI438965.1|CI438965
EST:     CAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: CAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|568037|gb|D38872.1|D38872
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86436429|gb|CI118151.1|CI118151
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86594831|gb|CI258085.1|CI258085
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88262265|gb|CI365841.1|CI365841
EST:     CAAGCCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: CAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88837559|gb|CI078919.1|CI078919
EST:     CAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATGGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: CAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88840060|gb|CI079514.1|CI079514
EST:     AGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: AGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|89189347|gb|CI048886.1|CI048886
EST:     AGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: AGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|86413328|gb|CI067733.1|CI067733
EST:     GGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|325493849|gb|JG458373.1|JG458373
EST:     GGGTAGCCAATGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|88837587|gb|CI078947.1|CI078947
EST:     TTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: TTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
EST: gi|8528193|gb|AU093008.1|AU093008
EST:     GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAG                         GTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA
genomic: GGGTAGCCAAGGCAATTAAGGACAAGGCCTGCAATGCTCTTCTCCTTAAGgtacatactg ... tatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttagccatatcggtttgccagcgtaataatcttgtgacctgtttatatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCAAAACGTGCTGGCTGGGGTGTGATGACCAGTCACAGGAG
                       taataatctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacatactgtttaaggttgtattcaaattagccatatcggtttgccagcgtaataatcttgtgacctgtttatatggtttagGTTAACCAAATTGGATCTGTTACTGAGAGCATTGAGGCTGTCAAGATGTCAAAACGTGCTGGCTGGGGTGTGATGACCAGTCACAGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG