Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttcgcatggtgtgcatctgtggtcttagttgtcaaataaacaatgcaaaatattgatttcacttatcgctgggcttatacatgttttttcaagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCACCT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g27950.2
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g27950.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G158531_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gttcgcat-ggtgtgcatc-tgtggtcttagttgtcaaataaacaatgcaaaatattgatt-tcacttatcgctgggcttatacatgttttttcaagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGG------GCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCACCT
    | || ||| |  ||       | | | |  |  |    ||| | |     |   |    ||| ||    |    || || |  |||||  | |  |||||||||||||||||||||||||||      ||||| ||||||||||||||||||||| |||
agaagtatcggtatctattaccccatgtaattcatttacgttacatttcggcgaaccaaacaccacctaagtttacttttttaaacttttttatatgaagCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGAGGAGGGCAGAATCGTCCTGTTTATTATTATGCGCCT

upper sequence: LOC_Os02g27950.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM5G829738_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gttcgcatggtgtgcatctgtggtcttagttgtcaaataaacaatgcaaaatattgatttcacttatcgctgggcttatacatgttttttcaagt-tgcagTATGGGCAGCAGATGATGAT---GGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCACCT
||   || |   ||  ||||   | || |    ||  | ||    |    | | |   ||     || | |    ||    |  ||  ||||  | ||||||||||||| || |||| |||   ||||||||||||||| |||||||||||||| |||
gtcttca-gcactgggtctgccctttttgagtgcacttcaatctagattgaaacttgctttgtaaattgttaattttgctaactttacttcatatgtgcagTATGGGCAACAAATGACGATTGGGGGGCAGACTCGTCCAGTTTATTATTATGCGCCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86522603|gb|CI162809.1|CI162809
EST:     TTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGTTGCAG                    
genomic: TTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA----CAGgtaaggaatc ... caagt
EST: gi|218484169|gb|FG948750.1|FG948750
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGTTGCAG                    
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA----CAGgtaaggaatc ... caagt
EST: gi|88906657|gb|CI375729.1|CI375729
EST:     CATCCTGCTGGGCCACAC                         TATGGCCACCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCG
genomic: CATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88271637|gb|CI387690.1|CI387690
EST:     ATCCTCCTGGGCCCCAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: ATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|86873292|gb|CI341517.1|CI341517
EST:     CTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88274360|gb|CI394766.1|CI394766
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|86491599|gb|CI134232.1|CI134232
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|89173898|gb|CI041791.1|CI041791
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88840763|gb|CI080217.1|CI080217
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|9864938|gb|AU100688.1|AU100688
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCNTGCTGGCCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|117210416|gb|CT857519.1|CT857519
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagT---A-T--GGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|88835964|gb|CI371069.1|CI371069
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAC                         TATGGGCAGCAGATGATTATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88543477|gb|CI473489.1|CI473489
EST:     CGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|87015631|gb|CI277589.1|CI277589
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|29677006|gb|CB673281.1|CB673281
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88476839|gb|CI414110.1|CI414110
EST:     CTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|86895820|gb|CI316044.1|CI316044
EST:     GACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAC                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCTTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: GACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88550891|gb|CI480370.1|CI480370
EST:     GCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: GCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|86868713|gb|CI333090.1|CI333090
EST:     AGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: AGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88840560|gb|CI080014.1|CI080014
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|86868697|gb|CI333074.1|CI333074
EST:     CAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|218485217|gb|FG951284.1|FG951284
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGTTGCAG                    
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA----CAGgtaaggaatc ... caagt
EST: gi|86854693|gb|CI258984.1|CI258984
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|218479918|gb|FG953241.1|FG953241
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|33657350|gb|CF279964.1|CF279964
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88262058|gb|CI365634.1|CI365634
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAA-GTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAGTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|33658430|gb|CF281043.1|CF281043
EST:     CCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88542063|gb|CI471370.1|CI471370
EST:     TCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGGTGGGCCACAG                         TATGGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCTTCCTGTTTATTATTATGC
genomic: TCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTAT-GGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcaaaatattgatttcacttatcgctgggcttatacatgttttttcaagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCACCT
      tattgat  putative branch site (score: 3)
                                     tgttttttc  putative PPT
                              ttatacatgtttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttcgcatggtgtgcatctgtggtcttagttgtcaaataaacaatgcaaaatattgatttcacttatcgctgggcttatacatgttttttcaagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCACCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - gcatggt
- - - - - -gtgcatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atacatg