Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttgtgctgtactatttgcttgactggtcattcatcaggtccttatttattcctttggttgtgtacgtagATGGGCGGAAGAAATACTGTACTGGTTGATGCTTTAGAAATGAGACTCCCCCATGTTAGGGATACACCAACTATTGTATTTGGTGCTCATGTCACCCATC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g07310.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58683359|gb|CK072046.1|CK072046
EST:     AGATGAACAAGTGGTATCTTGCAAGCGTTGCCCTTAAAATCAATGCTAAG                         ATGGGCGGAAGAAATACTGTACTGGTTGATGCTTTAGAAATGAGACTCCCC
genomic: AGATGAACAAGTGGTATCTTGCAAGCGTTGCCCTTAAAATCAATGCTAAGgtttgttgtg ... gtgtacgtagATGGGCGGAAGAAATACTGTACTGGTTGATGCTTTAGAAATGAGACTCCCC
EST: gi|58676390|gb|CK065077.1|CK065077
EST:     CCTT-AAATCAATGCTAAG                         ATGGGCGGAAGAAATACTGTACTGGTTGATGCTTTAGAAAGTGAGACTCCC
genomic: CCTTAAAATCAATGCTAAGgtttgttgtg ... gtgtacgtagATGGGCGGAAGAAATACTGTACTGGTTGATGCTTTAGAAA-TGAGACTCCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgcttgactggtcattcatcaggtccttatttattcctttggttgtgtacgtagATGGGCGGAAGAAATACTGTACTGGTTGATGCTTTAGAAATGAGACTCCCCCATGTTAGGGATACACCAACTATTGTATTTGGTGCTCATGTCACCCATC
  gcttgac  putative branch site (score: 4)
                           ttatttattccttt  TA-rich tract