Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgcacaaatacattattatgcttatgatgcacagtaggcttatatataagttaattggtccgagtacatttgtgataacagagctgtaggcttaatgttggttcgttgtgattgtcaccaattatctgttgaatctcatgcaaatcatctaacaaaaacttgttgatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGGCGATACCGACCTTACTGAGCCTGCTGTCTTGTTACTGTTAATGATGTTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g71770.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g71770.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G030902_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gtaagtgcacaaatacattattatgcttatgatgcacagtaggcttatatataagt-taattggtccgagtacatttgtgataacagagctgtaggcttaatgttggttcgttgtgattgtcaccaat-tatctgttgaatctcatgcaaatcatctaacaa--aaacttgttgatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGGCGATACCGACCTTACTGAGCCTGCTGTCTTGTTACTGTTAATGATGTTT----
||||  ||||||| |   | || | | | | || |  | ||   | |   | || | |||||| |  || ||  |     | |||| |  | |||||||||  |   |    |||   ||| ||| || | | |  | ||| |   ||   |||| ||| ||  || |||||  |||  ||||||||| ||||| | ||||   ||  | || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | || | |  | ||||   ||  || |       
gtaa--gcacaaaaaagatgttct-catgtcatac-tactattataaagcacaaatgtaattgat--gattaggtcatccaaaacaaaaatctaggcttaagttcaatctcctgttgctgtgacctatctttttactcaatatgtggctcgtcatttaataaccaatcttgtc-atgctccagTACGGCTATGGCCCCAGC---AGCGGAAGCAGCAGATCAAGGTCGGATTGGCGATACCGACCTTACTGAACGTGTTTTAGT-TTACCTCTAGGGAAGGAAACTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88259331|gb|CI363624.1|CI363624
EST:     TTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: TTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|88964649|gb|CI069997.1|CI069997
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|88993361|gb|CI257789.1|CI257789
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCTCAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|86878955|gb|CI315391.1|CI315391
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|86426428|gb|CI071525.1|CI071525
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|32947891|gb|BP184463.1|BP184463
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|89194691|gb|CI117128.1|CI117128
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|89197970|gb|CI117448.1|CI117448
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|88840785|gb|CI080239.1|CI080239
EST:     ATGGTTCAAAGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|8528147|gb|AU092962.1|AU092962
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|29677103|gb|CB673378.1|CB673378
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|88828471|gb|CI073341.1|CI073341
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|88964718|gb|CI070064.1|CI070064
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|86865345|gb|CI330869.1|CI330869
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|86604125|gb|CI114899.1|CI114899
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|3766847|gb|AU030957.1|AU030957
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCNGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|86429774|gb|CI082197.1|CI082197
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|89192033|gb|CI393390.1|CI393390
EST:     TCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: TCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|88829041|gb|CI073911.1|CI073911
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|116875549|gb|EC366057.1|EC366057
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGACAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATTAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|88216008|gb|CI215857.1|CI215857
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|3766706|gb|AU030816.1|AU030816
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
EST: gi|88846949|gb|CI005928.1|CI005928
EST:     ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGAT                         TACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG
genomic: ATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 64 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 38

GGGTGACTCTGGTGGTGGTTACATGGAACCCATGGATCTTTATGGGGCTTATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcac ... gatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGGCGATACCGACCTTACTGAGCCTGCTGTCTTGTTACTGTTAATGATGTTT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattatctgttgaatctcatgcaaatcatctaacaaaaacttgttgatgtcccagTACGGTTATGGTCACAGCGGAAGTAGCAGTAGCAGATCAAGGGCTGATTGGCGATACCGACCTTACTGAGCCTGCTGTCTTGTTACTGTTAATGATGTTT
                              taacaaaaa  TA-rich tract