1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...atgaataaatgtatatgctttttaactgactctactaagcttttgtgccctctttaatacttttgtgccctggatttaatgttttagctttaatatgcagGTACCTTGATGTTGGAAGGGATATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCTAAATGTCCATGTGGTTACTGCCATATTTCAGATGTAGAAACCCACCAGCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g56670.2 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATTGATTGAAAGCACATANTTGGCTGTTCAAGGCTACTAGAGATTATAG GTACCCTTGATNGTTGGAAGGGATATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCTEST: gi|58601755|gb|CK012283.1|CK012283
genomic: AATTGATTGAAAGCACATA-TTGGCTGTTCAAGGCTACTAGAGATTATAGgtgtgtcttt ... taatatgcagGTACC-TTGAT-GTTGGAAGGGATATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCT
EST: GAATTGATTGAAAGCACATATTGGCTGTTCAAGGCTACTAGAGATTATAG GTACCTTGATGTTGGAAGGGATATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCTAAEST: gi|33799597|gb|CF325659.1|CF325659
genomic: GAATTGATTGAAAGCACATATTGGCTGTTCAAGGCTACTAGAGATTATAGgtgtgtcttt ... taatatgcagGTACCTTGATGTTGGAAGGGATATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCTAA
EST: GAATTGATTGAAAGCACATATTGGCTGTTCAAGGCTACTAGAGATTATAG GTACCTTGATGTTGGAAGGGATATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCTAA
genomic: GAATTGATTGAAAGCACATATTGGCTGTTCAAGGCTACTAGAGATTATAGgtgtgtcttt ... taatatgcagGTACCTTGATGTTGGAAGGGATATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCTAA
tgccctctttaatacttttgtgccctggatttaatgttttagctttaatatgcagGTACCTTGATGTTGGAAGGGATATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCTAAATGTCCATGTGGTTACTGCCATATTTCAGATGTAGAAACCCACCAGCAG
ctttaat putative branch site (score: 4)
atttaatgttttagct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgaataaatgtatatgctttttaactgactctactaagcttttgtgccctctttaatacttttgtgccctggatttaatgttttagctttaatatgcagGTACCTTGATGTTGGAAGGGATATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCTAAATGTCCATGTGGTTACTGCCATATTTCAGATGTAGAAACCCACCAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- gaataaa
- - - - - - -tatgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccctgga