Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgctctctctccacatgcattggcacacctgtgtgtggataaggacttttagttctgacactcgttttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g33500.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G097226_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
gtacgctctctctc-cacatgcattggcacacctgtgtgtggataaggacttttagttctgacactcgttttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG
    | |||||||  | | | |  |  ||||| | |||||||      |  | |  |||| ||||  ||||   |||||||||||||||||| || |||||||| |  || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| 
----gttctctctagcccttaccctctcacacatttgtgtggt-----atctattattctaacacatgttt--gttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTCGCGTACCTTGATGCACCAGTTGAGAGGATTGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGA

upper sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G128121_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtacgctctctctccacatgcattggcacacctgtgtgtgg-ataaggacttttagttctgacactcgttttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG
|| ||      |   ||   |  |  ||||  ||||||||| ||   |  ||||| |      | |  |  |  |||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| 
gttcgtctagcccttac--cctctcacacatttgtgtgtggtatctaggattttaata-----aatgatgcttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGA

upper sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA02G46380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
gtacgctctctctccacatgcattggcacacctgtgtgtggataaggacttttagttct-gacactcgt----------tttctttgca--gCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG
      | |||||  ||||  ||| |      | ||  || ||        |||  ||| | || || |          ||   |||||  |||  |||||  ||||||| || ||||  |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || || 
---gtttatctctttacattgatttgtttttgtatgaatgtatcttactggttaactcttggcaatcatgagtgtgtacttctcttgcacagCACATCTGTCATTGAGGAGAGTTTTGGTTATCTTGATGCACCGGTTGAGAGAATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGA

upper sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA14G36540.3 (Glycine max), 3'ss of exon 12
gtacgctctctctccacatgcattggcacacctgtgtgtggataaggacttttagttct-gacactcgt------------tttctttgca--gCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG
      | |||||  ||||  ||| |     || ||   | ||        |||  ||| | || || |            ||   |||||  |||  |||||  |||| ||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || || 
---gtttatctctttacattgatttgtttttctatgaacgtatcttactggttaactcttggcaatcatatgagtgtgtacttctcttgcacagCACATCTGTCATTGAAGAAAGTTTTGGTTATCTTGATGCACCCGTTGAGAGAATTGCTGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCAGCAAATCTGGAAAGA

upper sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA14G02380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
--gta-cgctctctctccacatgcattggcacacctgtgtgtggataag-gacttttagttctgacactcgttttcttt------gcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG
   || | || |   |  |  ||  || | |    ||| | |   |     ||| || |   | |     || | |||        |||||  |||||  ||||||| || ||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || || 
gtttatctctttgcattaatttgtttttgtatgaatgtatcttactggttaactcttggcaatcatgagtgtgtacttctcttgcacagCACATCTGTCATTGAGGAGAGTTTTGGTTATCTAGATGCACCGGTTGAGAGAATTGCTGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCAGCAAATCTGGAAAGA

upper sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv17s0000g00690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
---gtacgctctctctccacat-----gcattggcacacctgtgt-----gtggataagga-----cttttag------ttctgaca-ctcgttt---tctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG
        || | || ||| ||     |||| |||     ||||      |||| | || |     ||||||       |||| ||| |  || |   | | ||||| ||||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||| || || || ||||| || || ||| | |||||||| ||||| || ||||||||||| 
gttaccttctttttcaccaaatctatggcatgggcgagggtgtgatagtggtggtttagaatcctccttttaagtatttttcttacaacgtgtctgaatttctgcagTATGTCTGTTATTGAGGAGAGCTTTGATTCTCTTGATGCACCTGTCGAAAGGATTGCAGGGGCAGATATTCCCATGCCTTATGCAGCAAATCTTGAGAGA

upper sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
gtacgctctctctccacatgcattggc---acacctgtgtgtggataaggactttta-gttctgacact---cgttttctttg--cagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG
||    |||||||||||     || |    |  |  ||   | |||||||  || || || || |||||    | ||  |||   ||||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| 
gtttattctctctccactgatgttcgtttgatgcaggttgtttgataaggcattatatgtacttacactatctgcttcttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAGGATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGA

upper sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: PP1S368_36V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 12
-----------------gtacgctctctctc-cacatgcattggcacacctgtgtgtggataaggacttttagttctgacactcgttttct---ttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG
                  || ||  | |  | | ||   |||  ||  |  |||| |       ||||| ||       |  |  |||  |   ||||||       || |||||||| |||||| | ||| | ||||| ||||| ||| |||||  ||| |||||||| |||||||||||||| || ||  | ||| | 
cctactgtgtgctttctctaagcaattttacgctcacatattatcaatcgagtgtatcttcctcgacttctaacagcatcgattatttaatgtgttgcagTGCAAGCGTCGTTGAGGAGAGCTTTTATTATTTGGATGCTCCAGTAGAGCGAATTTGTGGTGCTGATGTGCCCATGCCCTATGCCGCTAACTTAGAGCGT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86600093|gb|CI258433.1|CI258433
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|86522593|gb|CI162799.1|CI162799
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88383698|gb|CI545849.1|CI545849
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88266210|gb|CI377112.1|CI377112
EST:     TGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: TGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGT-GCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|87030785|gb|CI361999.1|CI361999
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|86482814|gb|CI125447.1|CI125447
EST:     GCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88228357|gb|CI227837.1|CI227837
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88989355|gb|CI043854.1|CI043854
EST:     TTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: TTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|86421382|gb|CI057371.1|CI057371
EST:     CCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: CCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88241310|gb|CI241159.1|CI241159
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88243304|gb|CI244426.1|CI244426
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCCTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|86423565|gb|CI062326.1|CI062326
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88450319|gb|CI544441.1|CI544441
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88988123|gb|CI036093.1|CI036093
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88243240|gb|CI244362.1|CI244362
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCCTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|87008136|gb|CI299104.1|CI299104
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88201857|gb|CI202212.1|CI202212
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88994765|gb|CI036346.1|CI036346
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88978398|gb|CI384780.1|CI384780
EST:     TGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAAGTTGAGA
genomic: TGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACA-GCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCA-GTTGAGA
EST: gi|86895800|gb|CI316034.1|CI316034
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCAT-GGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTTATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88247962|gb|CI247811.1|CI247811
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88219808|gb|CI219368.1|CI219368
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|66929259|gb|CX116107.1|CX116107
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|86536670|gb|CI176876.1|CI176876
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCACGTTGAGA
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCA-GTTGAGA
EST: gi|23380719|gb|BU667164.1|BU667164
EST:     TGACCACTTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: TGACCA-TTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|86494245|gb|CI136878.1|CI136878
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88296855|gb|CI540207.1|CI540207
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTNAGATATG                         CATGTCTNTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|7332461|gb|AU085807.1|AU085807
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATNTCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|29637529|gb|CB642538.1|CB642538
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|33800162|gb|CF325945.1|CF325945
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88201252|gb|CI201607.1|CI201607
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|89178308|gb|CI391487.1|CI391487
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|2796459|gb|AA749753.1|AA749753
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGG-ATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTG
EST: gi|86844834|gb|CI338720.1|CI338720
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACACCAT-GGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTTAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88438264|gb|CI538623.1|CI538623
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|33666827|gb|CF297794.1|CF297794
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88408234|gb|CI551363.1|CI551363
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|86542747|gb|CI182953.1|CI182953
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88290314|gb|CI550536.1|CI550536
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|157649975|gb|EX449609.1|EX449609
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGC
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGC
EST: gi|86260395|gb|CI066268.1|CI066268
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88218592|gb|CI218441.1|CI218441
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|87022122|gb|CI259194.1|CI259194
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATACCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88250709|gb|CI348939.1|CI348939
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCACGTTGAGA
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCA-GTTGAGA
EST: gi|88828484|gb|CI073354.1|CI073354
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88380195|gb|CI516182.1|CI516182
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|88459336|gb|CI517014.1|CI517014
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTTTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|2312022|gb|C28177.1|C28177
EST:     TGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCCTTGATGCACCAGTTTGA
genomic: TGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGG-TGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTG-TTGAGGAAAGCTTTGAATATC-TTGATGCACCAGTT-GA
EST: gi|88255891|gb|CI353762.1|CI353762
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|89162736|gb|CI099626.1|CI099626
EST:     CCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: CCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|29645720|gb|CB650727.1|CB650727
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|89169219|gb|CI038726.1|CI038726
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|87034409|gb|CI189033.1|CI189033
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|33666828|gb|CF297795.1|CF297795
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGA-ATAT-                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|29657623|gb|CB653898.1|CB653898
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|86836711|gb|CI347340.1|CI347340
EST:     GTGACCATTGAGGAAA-CTTCCCACAGCATGGCATTGGTACTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
EST: gi|86497317|gb|CI139950.1|CI139950
EST:     GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATG                         CATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG
genomic: GTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 65 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 74

CACTTGATAGAGCTACTATCAATGCATCTGTTAGAAAAACAAATAGATTGGTGACCATTGAGGAAAGCTTCCCACAGCATGGGATTGGTGCTGAGATATGgtacgctctc ... ttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggcacacctgtgtgtggataaggacttttagttctgacactcgttttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG
                               ttctgac  putative branch site (score: 74)
                                     cactcgttttcttt  CT-rich tract
                         ttttagtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacgctctctctccacatgcattggcacacctgtgtgtggataaggacttttagttctgacactcgttttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGAGG