Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgatatcataaatatgtcatgacccaaatgacactccatactatacaattcacctgcgtctgatgcatgcaccattccactatgtctatttcagATTATTGAATGCAGGCGGGTACTCAAATGGACATATGCTTATGGCTATTATCTGGACGACAAGGTCAAGAGCGAATTTTTCGAGTACCTGCAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g42740.2
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g42740.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G100913_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 12
gtttgatatcataaatatgtcatgacccaaatgacactccatactatacaattcacctgcgtctgatgcatgcaccattccactatgtctatttcagATTATTGAATGCAGGCGGGTACTCAAATGGACATATGCTTATGGCTATTATCTGGACGACAAGGTCAAGAGCGAATTTTTCGAGTACCTGCAAG
|| ||  ||| || || |  |||||   ||  |    |  ||| |  ||| ||  | |   |||||||| | |||||  | | |     ||  ||||||||| ||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||
gtctgtcatcttagattta-catgatgtaatgggt--tttataattgacatttttcttatatctgatgctttcaccaccctattg----tacatcagATTATAGAATGCAGGCGAGTGTTGAAATGGACATATGCTTATGGCTACTATCTGGATGATAAGATCAAGAGTGAATTTTTTGAGTATCTGCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29643283|gb|CB648290.1|CB648290
EST:     TTGGAATACCGGAGACCCAACTGAAGTTCATAATTGAAGCTTGGTCACAG                         ATTATTGAATGCAGGCGGGTACTCAAATGGACATATGCTTATGGCTATTAT
genomic: TTGGAATACCGGAGACCCAACTGAAGTTCATAATTGAAGCTTGGTCACAGgtttgatatc ... tctatttcagATTATTGAATGCAGGCGGGTACTCAAATGGACATATGCTTATGGCTATTAT
EST: gi|29643281|gb|CB648288.1|CB648288
EST:     TTGGAATACCGGAGACCCAACTGAAGTTCATAATTGAAGCTTGGTCACAG                         ATTATTGAATGCAGGCGGGTACTCAAATGGACATATGCTTATGGCTATTAT
genomic: TTGGAATACCGGAGACCCAACTGAAGTTCATAATTGAAGCTTGGTCACAGgtttgatatc ... tctatttcagATTATTGAATGCAGGCGGGTACTCAAATGGACATATGCTTATGGCTATTAT
EST: gi|29677672|gb|CB673947.1|CB673947
EST:     TTGGAATACCGGAGACCCAACTGAAGTTCATAATTGAAGCTTGGTCACAG                         ATTATTGAATGCAGGCGGGTACTCAAATGGACATATGCTTATGGCTATTAT
genomic: TTGGAATACCGGAGACCCAACTGAAGTTCATAATTGAAGCTTGGTCACAGgtttgatatc ... tctatttcagATTATTGAATGCAGGCGGGTACTCAAATGGACATATGCTTATGGCTATTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actatacaattcacctgcgtctgatgcatgcaccattccactatgtctatttcagATTATTGAATGCAGGCGGGTACTCAAATGGACATATGCTTATGGCTATTATCTGGACGACAAGGTCAAGAGCGAATTTTTCGAGTACCTGCAAG
                  gtctgat  putative branch site (score: 4)
                                             tctatttc  putative PPT
                                             tctattt  TA-rich tract