Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcaaatgttgatcgatcagttgtttgctagccaaagtacagaaagtgcattgttctaagttctttcatattgcatgcttatgattccctttctcaattagAGATGGTGGTGAAATTTCTACAAAGGATCTGCAGAAGATCGTTCAAGCTTTGCCACAATACGGTGAACAAGTTGAGAAATTGACCCTCCATATAGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g04450.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g04450.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM5G830776_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
-tcaaatgttgatcgatca-gttgtttgctagccaaagtacagaaagtgcattgttctaagttct-ttcatattgcatgcttatgattccctttctcaattagAGATGGTGGTGAAATTTCTACAAAGGATCTGCAGAAGATCGTTCAAGCTTTGCCACAATACGGTGAACAAGTTGAGAAATTGACCCTCCATATAGAG
 | |  | ||  |   | | |  |  | ||||  || ||    |      ||  ||     |    ||||||    ||| ||    || || || |||| |||||||||||||||| | || |||  |||||||||||| ||||||||||| || || |||||| |||| ||||||||||||||||| || |||||||||
ttgagctatttctaatttatgcagaattctag--aatgttggaatgacttatcatttggcatggagttcataa-aaatgattgatgtttccattttcaactagAGATGGTGGTGAAGTCTCAACACGGGATCTGCAGAAAATCGTTCAAGCATTACCCCAATACAGTGATCAAGTTGAGAAATTGACGCTACATATAGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcattgttctaagttctttcatattgcatgcttatgattccctttctcaattagAGATGGTGGTGAAATTTCTACAAAGGATCTGCAGAAGATCGTTCAAGCTTTGCCACAATACGGTGAACAAGTTGAGAAATTGACCCTCCATATAGAG
                                      ttccctttctcaatt  CT-rich tract
                 tttcatatt  TA-rich tract