Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagatcttgttcactaacagaaaatcatatgttcacatgtacatctgaataacataaaagatgatgttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACTAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g02380.2
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g02380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 11
gttagatcttgttcactaacaga---------aaatcatatgttcacatgtacatctgaataacataaaagatgatgttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACTAAG
  || | |||| | || || ||          | | || |  |  |    |  ||||||||   ||  ||     |  |  ||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||
-gtacagcttgattaccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG

upper sequence: LOC_Os06g02380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G095252_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gttagatcttgttcactaacagaaaatcatatgt-tcaca--------tgtacatctgaataacataaaagatgatgttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACTAAG
  || |  |  |  || || |      ||  |||  ||||          |  ||||||||    |  ||     || |  ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||
-gtacagttattctaccaaaaatctcacacgtgtaccacagttcatggcatggatctgaatcttgtgcaaacatttgctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCTACTAAG

upper sequence: LOC_Os06g02380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT5G56500.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
gttagatcttgttcactaacagaaaatca-tatgttcacatgtacatctgaataacataaaagatgatgtt---ttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACTAAG
     |||    ||  ||| ||||    | | ||      |  | ||   ||  |  | || |    | ||   ||  |||||||| ||||  || |||   ||   |||||||||||||||||||||  | ||||| ||| | |||||||| || |||||||| || || || 
--gtaatcaatctccttaaaagaatgcaagtttgagtcttttgatatagaaactaagtcaatggcttttttcggttgacagGTTCTTTCTAGTGACAACCCTAAACATGGTTACAATGCTGCAACTGGCAAATACGAAGATCTCATGGCTGCAGGAATCATTGATCCAACCAAA

upper sequence: LOC_Os06g02380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT1G55490.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
---gttagatcttgttcactaa--cagaaaatcatatgttcacatgtacatctgaataacataaaagatg-----atgttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACTAAG
    | | | |   |    |||  |  |   |  ||| |  | || |  |     ||     || |||||     ||   ||  ||||| || || ||||||||| | || || ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| || ||||| || || || |||
gtaataacaacagataacataattcccacttttttatctctagatttcaagtcagatgcttgaagagatgtctctattcattggcagGTGCTTTCCAACGATAACGTGAAATTCGGTTACAATGCTGCAACCGGCAAGTACGAGGATTTGATGGCTGCAGGAATCATCGATCCAACAAAG

upper sequence: LOC_Os06g02380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv09s0002g03930.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
-------------------------------------------------------------------gttagatcttgttcactaa-cagaaaatcatatgttcacatgtacatctgaataacataaaagatgatgttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACTAAG
                                                                   |||| || |  |||   ||    |||||  | | | ||   |      |   || |  |    ||  | |||  | ||||  | || |  || ||    || | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || 
gtgtgccgtcagtttagattacattgtttacagaagttaaaaactcattatgtgctgtcagtttatggttacatttatttcctgaagttaaaaattgtttatccatgagcctggatctttagctgatgttatattctttatctagGTGTTGTCCAGTGACAATCCAAAATATGGTTACAATGCTGCAACTGGAAAATACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATAATTGATCCCACGAAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88834230|gb|CI000594.1|CI000594
EST:     TGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: TGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|30227511|gb|CB965403.1|CB965403
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86501965|gb|CI144598.1|CI144598
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29627635|gb|CB632646.1|CB632646
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29625231|gb|CB630242.1|CB630242
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|18386667|gb|BM419865.1|BM419865
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29622749|gb|CB627760.1|CB627760
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|58693690|gb|CK082377.1|CK082377
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86256570|gb|CI061333.1|CI061333
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|58670426|gb|CK059112.1|CK059112
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29673297|gb|CB669572.1|CB669572
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29661803|gb|CB658078.1|CB658078
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|33675796|gb|CF304035.1|CF304035
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29618035|gb|CB623047.1|CB623047
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88842350|gb|CI081606.1|CI081606
EST:     TTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: TTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|89169455|gb|CI109814.1|CI109814
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88985200|gb|CI006854.1|CI006854
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29634248|gb|CB639257.1|CB639257
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|23513161|gb|BU673011.1|BU673011
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCG-TGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86499526|gb|CI142159.1|CI142159
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86884449|gb|CI337017.1|CI337017
EST:     AATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88830095|gb|CI074767.1|CI074767
EST:     GCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTGACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: GCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86487425|gb|CI130058.1|CI130058
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|3761242|gb|C98490.1|C98490
EST:     AATTGATTGCTAAGAATNCTGGTGTTAATGGAAGCNTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86525693|gb|CI165899.1|CI165899
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88219467|gb|CI219027.1|CI219027
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88829359|gb|CI074229.1|CI074229
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29657689|gb|CB653964.1|CB653964
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88215089|gb|CI214938.1|CI214938
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29615270|gb|CB620282.1|CB620282
EST:     AATTCATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29625766|gb|CB630777.1|CB630777
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29683173|gb|CB679448.1|CB679448
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88901541|gb|CI008969.1|CI008969
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29624254|gb|CB629265.1|CB629265
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86524993|gb|CI165199.1|CI165199
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86907854|gb|CI298707.1|CI298707
EST:     TGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: TGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|3761784|gb|C99032.1|C99032
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88964796|gb|CI084794.1|CI084794
EST:     GTGTTAATGGAAGCGTTGTNACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTNGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: GTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|6934892|gb|AU082429.1|AU082429
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAANCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGNCA
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCT-CTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACA
EST: gi|88828182|gb|CI000291.1|CI000291
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|89183846|gb|CI046411.1|CI046411
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|23514492|gb|BU673667.1|BU673667
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86527219|gb|CI167425.1|CI167425
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|2801013|gb|AA754307.1|AA754307
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88995753|gb|CI037119.1|CI037119
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACCATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88218730|gb|CI218579.1|CI218579
EST:     GAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: GAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29680784|gb|CB677059.1|CB677059
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29627873|gb|CB632884.1|CB632884
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29616041|gb|CB621053.1|CB621053
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86495883|gb|CI138516.1|CI138516
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|702958|gb|D49249.1|D49249
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|89169996|gb|CI039273.1|CI039273
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACCATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86427955|gb|CI073052.1|CI073052
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29628205|gb|CB633216.1|CB633216
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|6934805|gb|AU082342.1|AU082342
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86417592|gb|CI031801.1|CI031801
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29689313|gb|CB685588.1|CB685588
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88977070|gb|CI024807.1|CI024807
EST:     TGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: TGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86854677|gb|CI258970.1|CI258970
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29614381|gb|CB619394.1|CB619394
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|701315|gb|D47606.1|D47606
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86870382|gb|CI319488.1|CI319488
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACA
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAA-Ggttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACA
EST: gi|86413936|gb|CI068143.1|CI068143
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTCAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|16753384|gb|BM037777.1|BM037777
EST:     ATTGANTGGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: ATTGA-TTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88983089|gb|CI020653.1|CI020653
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|58689772|gb|CK078459.1|CK078459
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88841873|gb|CI081129.1|CI081129
EST:     TTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: TTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|6934895|gb|AU082432.1|AU082432
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86882772|gb|CI327390.1|CI327390
EST:     TTAATCGAAGCCTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: TTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|89174985|gb|CI041063.1|CI041063
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACCG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|2801009|gb|AA754303.1|AA754303
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29658823|gb|CB655098.1|CB655098
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTTCCGAGAAG                         GTTCTTTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|7212775|gb|C99033.2|C99033
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88962701|gb|CI023801.1|CI023801
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86417759|gb|CI031968.1|CI031968
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|30228060|gb|CB965952.1|CB965952
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGGTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGGACA
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACT-GGACA
EST: gi|29657719|gb|CB653994.1|CB653994
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88844914|gb|CI022268.1|CI022268
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|89173511|gb|CI041404.1|CI041404
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|218494239|gb|FG952759.1|FG952759
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|30229232|gb|CB967123.1|CB967123
EST:     AATTGA-TGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCG-TGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29617291|gb|CB622303.1|CB622303
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|58687214|gb|CK075901.1|CK075901
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|58690595|gb|CK079282.1|CK079282
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|86428383|gb|CI075064.1|CI075064
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29616042|gb|CB621054.1|CB621054
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88906400|gb|CI375472.1|CI375472
EST:     CTGGTGTTAATGGAAGCCTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: CTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|29626463|gb|CB631474.1|CB631474
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|88836755|gb|CI014756.1|CI014756
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
EST: gi|6934809|gb|AU082346.1|AU082346
EST:     AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAG                         GTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 243

GTTGGAGCTGAAATTGTAAGGAGAGCGCTGAGCTACCCGCTTAAATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatctt ... gttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACTAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaatcatatgttcacatgtacatctgaataacataaaagatgatgttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACTAAG
                          gaataac  putative branch site (score: 243)
                                              ttttacc  putative PPT
                           aataacataaaagat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagatcttgttcactaacagaaaatcatatgttcacatgtacatctgaataacataaaagatgatgttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT