Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtttttataatatttgtggttagagctactgattctgcttagttgaagaatataattaaacccctgtcgctctgttttttttttttttgataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g56480.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g56480.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G044011_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
tgtttttataatatttgtggttagagctactgattctgcttagttgaagaatataattaaacccctgtcgctct-gttttttttttttttgataatt-gcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG
|   | | ||| |  |   |||| |  ||  |||| |   |   ||||  ||       ||  |   | | |   |  | | | |||  |||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||    |||   |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||
tccctctttaaaagataaagttaaa--taaggattttatgtgtatgaattatggctgctaatgcacttagttgaagcatatctgtttgctgattatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89182762|gb|CI114131.1|CI114131
EST:     GTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAAT                         GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
genomic: GTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAATgtaaagcttc ... ataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
EST: gi|86883503|gb|CI338061.1|CI338061
EST:     CTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAAT                         GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
genomic: CTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAATgtaaagcttc ... ataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
EST: gi|88224189|gb|CI224038.1|CI224038
EST:     GTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAAT                         GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
genomic: GTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAATgtaaagcttc ... ataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
EST: gi|88429886|gb|CI562697.1|CI562697
EST:     GGTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAAT                         GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
genomic: GGTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAATgtaaagcttc ... ataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
EST: gi|86505661|gb|CI148294.1|CI148294
EST:     GTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAAT                         GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
genomic: GTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAATgtaaagcttc ... ataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
EST: gi|86840851|gb|CI335043.1|CI335043
EST:     TTCTTCAACATGCTTACAAAT                         GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
genomic: TTCTTCAACATGCTTACAAATgtaaagcttc ... ataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
EST: gi|88296986|gb|CI542698.1|CI542698
EST:     CAACATGCTTACAAAT                         GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
genomic: CAACATGCTTACAAATgtaaagcttc ... ataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
EST: gi|86825581|gb|CI361755.1|CI361755
EST:     TTCAACATGCTTACAAAT                         GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
genomic: TTCAACATGCTTACAAATgtaaagcttc ... ataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
EST: gi|88544532|gb|CI472636.1|CI472636
EST:     AGGAGGTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAAT                         GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
genomic: AGGAGGTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAATgtaaagcttc ... ataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
EST: gi|88227542|gb|CI227022.1|CI227022
EST:     GTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAAT                         GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
genomic: GTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAATgtaaagcttc ... ataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
EST: gi|86854586|gb|CI258879.1|CI258879
EST:     GTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAAT                         GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA
genomic: GTCCAAGCTTTGAAGGACTTCTTCAACATGCTTACAAATgtaaagcttc ... ataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaagaatataattaaacccctgtcgctctgttttttttttttttgataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG
                                        ttttgat  putative branch site (score: 4)
                         ctctgttttttttttt  CT-rich tract
                          tctgtttttttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtttttataatatttgtggttagagctactgattctgcttagttgaagaatataattaaacccctgtcgctctgttttttttttttttgataattgcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG

- - - - - - - - - - - - -gctactg
- - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaagaata