Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atacgtgaacaattgaaacatctaacaaaacccgtgcggcaacatgttggtgttttttacctgtagtctgacatactgtattcttttgccccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAACCAGCTCTTCTTTACATTGTGCCTTTTACGCTTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g57710.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g57710.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G096343_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
atacgtgaacaattgaaacatctaacaaaaccc-gtgcggcaacatgttggtgttttttacctgtagt----ctgacatactgtattcttttgccccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAACCAGCTCTTCTTTACATTGTGCCTTTTACGCTTG
    |||   |  || |   | |  || |  |  | || | | | || ||  ||||     |  ||||     |||||| |  | ||  |     || |  | ||||||  | || || || ||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||| |||||||| ||  | |
---tgtggtta--tgcacgttttgccagagtcttgcgcagtatcttgatgccgtttcaccaccatagtgttcttgacatgccttgtttgtggttgcccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGCCGGCTCTCCTTTACATCGTGCCTTTCACAATCG

upper sequence: LOC_Os02g57710.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv15s0046g02460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
atacgtgaacaattgaaacatctaacaaaac-ccgtgcg-gcaacatgttggtgttttttacctgtagtctgacatactgtattcttttgccccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAACCAGCTCTTCTTTACATTGTGCCTTTTACGCTTG
  |  |      || | ||| ||      |  || |    || |||  ||  | ||| ||     ||   |   |   ||| || ||      ||| |  ||| ||  | ||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| || || || || |
ggattttgcatttttatacaactgtttctattccataaatgctacaattttttatttatttttaatatctttttaagttgtgtttttca--ttcttgtgcagGACTCCTCATCACATATGTGGCCTTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAACCAGCTCTACTCTACATTGTTCCATTCACACTCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29613255|gb|CB618268.1|CB618268
EST:     GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
EST: gi|29623067|gb|CB628078.1|CB628078
EST:     GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
EST: gi|29639825|gb|CB644834.1|CB644834
EST:     GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
EST: gi|29631554|gb|CB636563.1|CB636563
EST:     TTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: TTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
EST: gi|58658945|gb|CK047625.1|CK047625
EST:     CTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: CTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
EST: gi|300216268|gb|HO088053.1|HO088053
EST:     GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAAACCTTATGGATGGTCATGGTCAA
genomic: GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAA-CCTTATGGATGGTCATGGTCAA
EST: gi|29676694|gb|CB672969.1|CB672969
EST:     GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
EST: gi|29677467|gb|CB673742.1|CB673742
EST:     GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
EST: gi|58679622|gb|CK068309.1|CK068309
EST:     GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
EST: gi|29628485|gb|CB633496.1|CB633496
EST:     GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
EST: gi|58659339|gb|CK048019.1|CK048019
EST:     TGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: TGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
EST: gi|33798918|gb|CF325316.1|CF325316
EST:     GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
EST: gi|88967262|gb|CI002456.1|CI002456
EST:     GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTG                         GTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC
genomic: GACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 71 (upstream exon), 71 (downstream exon)
Score: 16

GTATGATTGGGCTGCCAAAAAGACCTTGCAATCTGGTTACTTTTTGTGGTCAATGGTTGCTTATGGTTCTGgtaagacgcc ... ccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAACCAGCTCTTCTTTACATTGTGCCTTTTACGCTTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttggtgttttttacctgtagtctgacatactgtattcttttgccccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAACCAGCTCTTCTTTACATTGTGCCTTTTACGCTTG
                    gtctgac  putative branch site (score: 16)
                              ctgtattcttttgccc  putative PPT
     tgtttttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atacgtgaacaattgaaacatctaacaaaacccgtgcggcaacatgttggtgttttttacctgtagtctgacatactgtattcttttgccccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAACCAGCTCTTCTTTACATTGTGCCTTTTACGCTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - gaacaat
- - - - - - - gaaacat
- - - - - - - - - - - taacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttttgc