Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cagttccactttacatatttcattacatgggctatgtttttaaacttataaattgtatgtatatggtttccttactgcatttatatgaatgaaactgcagTTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g27950.2
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g27950.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM5G829738_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
cagttccactttacatatttcattacatgggctatgtttttaa----acttataaattgtatgtatatggt-ttccttactgcatttatatgaatgaaactgcagTTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG
      |   | ||||  ||      | |   ||  |  ||||    || |      || |||   ||  | ||  | |||||||||| || ||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |  |||||| |  |||||||| |||| |||||| | || || || |||||||||||||||||||| ||||||
-----tcgagtcacattcttttcagaaggttttacttcattaatcgaaccttgtttctgaatgagcattatgttagtcactgcatttacataaattaaattgcagTTCCCACCGGCATATGGCGCCCAGCCTGTCATGTACAATACTCAACCTGGAGCATCACCGCACGGTTACATGCATCCTGCTGGTCCACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86491599|gb|CI134232.1|CI134232
EST:     TAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATG                         TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
genomic: TAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATGgtgagttctt ... gaaactgcagTTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
EST: gi|89173898|gb|CI041791.1|CI041791
EST:     ACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATG                         TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
genomic: ACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATGgtgagttctt ... gaaactgcagTTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
EST: gi|117210416|gb|CT857519.1|CT857519
EST:     CATACTACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATG                         TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
genomic: CATACTACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATGgtgagttctt ... gaaactgcagTTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
EST: gi|87015631|gb|CI277589.1|CI277589
EST:     CATACTACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATG                         TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
genomic: CATACTACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATGgtgagttctt ... gaaactgcagTTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
EST: gi|29677006|gb|CB673281.1|CB673281
EST:     CATACTACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATG                         TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
genomic: CATACTACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATGgtgagttctt ... gaaactgcagTTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
EST: gi|86854693|gb|CI258984.1|CI258984
EST:     CATACCACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATG                         TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
genomic: CATACTACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATGgtgagttctt ... gaaactgcagTTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
EST: gi|218479918|gb|FG953241.1|FG953241
EST:     CATACTACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATG                         TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
genomic: CATACTACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATGgtgagttctt ... gaaactgcagTTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
EST: gi|33657350|gb|CF279964.1|CF279964
EST:     CATACTACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATG                         TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA
genomic: CATACTACTATGCTAATAACATGCCTACAGCACCTCTTGGACCTCCAATGgtgagttctt ... gaaactgcagTTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttataaattgtatgtatatggtttccttactgcatttatatgaatgaaactgcagTTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG
                       tccttac  putative branch site (score: 2)
                                 atttatatgaatgaaa  TA-rich tract