1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...ttgattttttttaaaggttacaacttatctgatgtaacatatttgattgcctttctccattagatcattgttatgattgtctgacgaaaaatatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAAAGCGACGAACCAGCAAGCTCCTCTAGTGGAAAGTAGAGTTTTGGTATA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g68380.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|86478032|gb|CI120665.1|CI120665
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCCTGGTGGTCCEST: gi|88375862|gb|CI528166.1|CI528166
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCC-TGGTGGTCC
EST: ATGCTGATTAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|88455479|gb|CI521699.1|CI521699
genomic: ATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|88465988|gb|CI519861.1|CI519861
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|86596871|gb|CI270667.1|CI270667
genomic: ATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|89184931|gb|CI048487.1|CI048487
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|88417806|gb|CI535965.1|CI535965
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|58674576|gb|CK063263.1|CK063263
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|29670331|gb|CB666606.1|CB666606
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|87014864|gb|CI271463.1|CI271463
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|86428032|gb|CI073129.1|CI073129
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|29672335|gb|CB668610.1|CB668610
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|58682563|gb|CK071250.1|CK071250
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTAGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|29644364|gb|CB649371.1|CB649371
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|29668123|gb|CB664398.1|CB664398
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAEST: gi|88460016|gb|CI526872.1|CI526872
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
EST: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAG GTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
genomic: ACACACGCTCCATCAATGATGCAACTTTGTATGCTGATGAAGGAGATGAGgtaatttagt ... atatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCA
attgcctttctccattagatcattgttatgattgtctgacgaaaaatatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAAAGCGACGAACCAGCAAGCTCCTCTAGTGGAAAGTAGAGTTTTGGTATA
gtctgac putative branch site (score: 3)
aaaaatatataca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgattttttttaaaggttacaacttatctgatgtaacatatttgattgcctttctccattagatcattgttatgattgtctgacgaaaaatatatacagGTTGTTGAACGGGTGCTTGGATGGATAATGAAGCTCTTCCCTGGTGGTCCAAAGCGACGAACCAGCAAGCTCCTCTAGTGGAAAGTAGAGTTTTGGTATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA