1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
gtattgccacatatgtattctgtacaactgatgcactctttaacatattgcgagacaccttgtacagtaatacccaaagatgtcttacagagtctaatgatttacccattattcttcagttaacttactgctaacaccaatttgtatacaaaagttgtctgaacatgtttctccgttccagCCTCCAAAGTTCGAATTTTATGATCCAAAAACTCCTTTCTTCACCTCACCTCGATACTTACCTCCAGCAAGATTGGAGAAGTGCAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g44220.7 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGAACAATCAAATCATTTTTTGACGCTAACTTGGCCCTCACCGAGCAG CCTCCAAAGTTCGAATTTAATGATCCCAAAACTCCTTTCTTCACCTCAEST: gi|1631864|gb|C19593.1|C19593
genomic: TTGGAACAATCAAATCATTTTTTGATGCTAACTTGGCCCTCACCGAGCAGgtattgccac ... tccgttccagCCTCCAAAGTTCGAATTTTATGATCCAAAAACTCCTTTCTTCACCTCA
EST: TTGGAACAATCAAATCATTTTTTGATGCTAACTTGGCCCTCACCGAGCAG CCTCCAAAGTTCGAATTTTATGATCCAAAAACTCCTTTCTT-ACCTCAACC
genomic: TTGGAACAATCAAATCATTTTTTGATGCTAACTTGGCCCTCACCGAGCAGgtattgccac ... tccgttccagCCTCCAAAGTTCGAATTTTATGATCCAAAAACTCCTTTCTTCACCTCA-CC
actgctaacaccaatttgtatacaaaagttgtctgaacatgtttctccgttccagCCTCCAAAGTTCGAATTTTATGATCCAAAAACTCCTTTCTTCACCTCACCTCGATACTTACCTCCAGCAAGATTGGAGAAGTGCAAG
tgctaac putative branch site (score: 1)
tgtttctccgttcc putative PPT
aatttgtatacaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattgccacatatgtattctgtacaactgatgcactctttaacatattgcgagacaccttgtacagtaatacccaaagatgtcttacagagtctaatgatttacccattattcttcagttaacttactgctaacaccaatttgtatacaaaagttgtctgaacatgtttctccgttccagCCTCCAAAGTTCGAATTTTATGATCCAAAAACTCCTTTCTTCACCTCACCTCGATACTTACCTCCAGCAAGATTGGAGAAGTGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT