Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaacctaagaggaagctataatgttgccttttgtttcttacattgctttcccagtgacactccacaaataatgatgatattgtactcttgggacttaatttgatatataatcctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g10784.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os12g10784.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G168510_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtaaaacctaagaggaagctataatgttgccttttgtttcttacattgctttcccagtgacac-tccacaaataatgatgatattgtactcttgggacttaatttgatatataatcctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
                            |      | | |  ||||      | |  ||  |  |  ||| |   || || |||  |   | |   ||  |  ||  |  ||||||| |||   |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||
----------------------------gtaaagagatgcggacatgaacaactcgatggtatattaacataatctgctgttatgctcaacattaaacggatcttattgcataatcccaca---gGTACATGATGACCCCTTGAATGCACCATGCGATGGCCCAACTCAATGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88258518|gb|CI361104.1|CI361104
EST:     CATCGGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: CATC-GCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|88505479|gb|CI432985.1|CI432985
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTNTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|88253440|gb|CI352066.1|CI352066
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|86841827|gb|CI337475.1|CI337475
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|4714258|gb|AU058225.1|AU058225
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|88295502|gb|CI527865.1|CI527865
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|12693436|gb|AU173569.1|AU173569
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|86603000|gb|CI357364.1|CI357364
EST:     GCATCCCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGGTGTTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGC
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|88836262|gb|CI371367.1|CI371367
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGGACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|11442603|gb|BF430506.1|BF430506
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|86833012|gb|CI333611.1|CI333611
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|33672946|gb|CF301185.1|CF301185
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|88473662|gb|CI410933.1|CI410933
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|86526749|gb|CI166955.1|CI166955
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|33688394|gb|CF316633.1|CF316633
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
EST: gi|86839037|gb|CI330405.1|CI330405
EST:     GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAG                         GTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
genomic: GCATCGCAAGGACTTCTGTTGCTGTCGGAGTTGATGGTATTTTCATGGAGgtaaaaccta ... cctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aataatgatgatattgtactcttgggacttaatttgatatataatcctacaacagGTACATGATGATCCCTTGAACGCACCTTGTGATGGCCCAACTCAATGG
                            ttaatttgatatataa  TA-rich tract