1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...aggtagatttggaagattttttctgttagatgatttttttttcctggacaattatctttgaccctctggacatgcataccttgtgttctttgctgtgtagTGGACGGCGGGATTTTGGCGATTTCAGTGTCTACAAGCCATCAAAGAAACCTCCTGCTGCAGATCAATCCGAGACTTTAGCTGCTGCTGCTGTTGTACCC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g32890.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTTCTCTTCACCCTCGTTATTTGCCTTCGGGCTGGAATATAAAGCACAG TGGACGGCGGGATTTTGGCGATTTCAGTGTCTACAAGCCATCAAAGAAACCEST: gi|88265631|gb|CI376533.1|CI376533
genomic: GCTTCTCTTCACCCTCGTTATTTGCCTTCGGGCTGGAATATAAAGCACAGgtgaattcac ... tgctgtgtagTGGACGGCGGGATTTTGGCGATTTCAGTGTCTACAAGCCATCAAAGAAACC
EST: GCTTCTCTTCACCCTCGTTATTTGCCTTCGGGCTGGAATATAAAGCACAG TGGACGGCGGGATTTTGGCGATTTCAGTGTCTACAAGCCATCAAAGAAACC
genomic: GCTTCTCTTCACCCTCGTTATTTGCCTTCGGGCTGGAATATAAAGCACAGgtgaattcac ... tgctgtgtagTGGACGGCGGGATTTTGGCGATTTCAGTGTCTACAAGCCATCAAAGAAACC
ggacaattatctttgaccctctggacatgcataccttgtgttctttgctgtgtagTGGACGGCGGGATTTTGGCGATTTCAGTGTCTACAAGCCATCAAAGAAACCTCCTGCTGCAGATCAATCCGAGACTTTAGCTGCTGCTGCTGTTGTACCC
ctttgac putative branch site (score: 1)
ttctttgct putative PPT
attatcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggtagatttggaagattttttctgttagatgatttttttttcctggacaattatctttgaccctctggacatgcataccttgtgttctttgctgtgtagTGGACGGCGGGATTTTGGCGATTTCAGTGTCTACAAGCCATCAAAGAAACCTCCTGCTGCAGATCAATCCGAGACTTTAGCTGCTGCTGCTGTTGTACCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
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