Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgactagtgcccttttgcaatctctaatgttctattttatatctttatctgagatatgcacagaattttcgctaaagaactctgctgcatggttgtgcagGATATTATGATCTCAGGAGCACCTGCCATGCCAGATGGAAAGAAGACAGTAGGAAGGCTAAATCATATGCATGTCGCAAATCGCTTTCGATATTCACTTC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g28060.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|38476867|gb|CF961000.1|CF961000
EST:     GGTTCAACGATGCATGGGAAATGGAACTTGACTTTGCATCTGATGAAGAG                         GATATTATGATCTCAGGAGCACCTGCCATGCCAGATGGAAAGAAGACAGTA
genomic: GGTTCAACGATGCATGGGAAATGGAACTTGACTTTGCATCTGATGAAGAGgtaaatgtaa ... ggttgtgcagGATATTATGATCTCAGGAGCACCTGCCATGCCAGATGGAAAGAAGACAGTA
EST: gi|29636270|gb|CB641279.1|CB641279
EST:     GGTTCAACGATGCATGGGAAATGGAACTTGACTTTGCATCTGATGAAGAG                         GATATTATGATCT
genomic: GGTTCAACGATGCATGGGAAATGGAACTTGACTTTGCATCTGATGAAGAGgtaaatgtaa ... ggttgtgcagGATATTATGATCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatctgagatatgcacagaattttcgctaaagaactctgctgcatggttgtgcagGATATTATGATCTCAGGAGCACCTGCCATGCCAGATGGAAAGAAGACAGTAGGAAGGCTAAATCATATGCATGTCGCAAATCGCTTTCGATATTCACTTC
                        cgctaaa  putative branch site (score: 3)
                agaatttt  TA-rich tract