1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtaaaagctcgcctcctgaatccattatcctaccctggacaattcatggcggtacttctatgctaatgctgtaattctgctgccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGGTGTCCTGATGAAGAGGTGACGCTGTATATTTTGCCATTTTGTATACAC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g08005.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88262435|gb|CI366209.1|CI366209
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88263201|gb|CI366975.1|CI366975
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88484676|gb|CI421947.1|CI421947
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|27577598|gb|CB000293.1|CB000293
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|86435305|gb|CI106538.1|CI106538
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTT-ATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88995023|gb|CI036598.1|CI036598
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88535689|gb|CI462504.1|CI462504
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88487463|gb|CI424734.1|CI424734
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|86422330|gb|CI059903.1|CI059903
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88834412|gb|CI077695.1|CI077695
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88995018|gb|CI036593.1|CI036593
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88971772|gb|CI389009.1|CI389009
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGCCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACCCATGGTTATGACGGTGEST: gi|89184707|gb|CI007132.1|CI007132
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|89181971|gb|CI113477.1|CI113477
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88304561|gb|CI518217.1|CI518217
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|86251665|gb|CI016954.1|CI016954
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88518540|gb|CI446194.1|CI446194
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|29687001|gb|CB683276.1|CB683276
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|86840814|gb|CI335020.1|CI335020
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88264025|gb|CI367799.1|CI367799
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88690259|gb|CI734338.1|CI734338
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88218395|gb|CI218244.1|CI218244
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGCTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|86525598|gb|CI165804.1|CI165804
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88974780|gb|CI023076.1|CI023076
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88463974|gb|CI529511.1|CI529511
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88544183|gb|CI474257.1|CI474257
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATNTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|218479405|gb|FG961659.1|FG961659
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|86547010|gb|CI187216.1|CI187216
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|58688376|gb|CK077063.1|CK077063
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88437292|gb|CI526441.1|CI526441
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGT-EST: gi|88829021|gb|CI073891.1|CI073891
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|86525653|gb|CI165859.1|CI165859
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88273878|gb|CI394284.1|CI394284
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88830007|gb|CI074679.1|CI074679
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGEST: gi|88277473|gb|CI398275.1|CI398275
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGGCGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
gacaattcatggcggtacttctatgctaatgctgtaattctgctgccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGGTGTCCTGATGAAGAGGTGACGCTGTATATTTTGCCATTTTGTATACAC
tgctaat putative branch site (score: 64)
tgtaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaaagctcgcctcctgaatccattatcctaccctggacaattcatggcggtacttctatgctaatgctgtaattctgctgccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGGTGTCCTGATGAAGAGGTGACGCTGTATATTTTGCCATTTTGTATACAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG