Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtggtggtcatgccctaatttcaatgcatgcgtgtgctttatgcagaaaaagtaaatttcaattcgttctgtatgttgacacaaatattgttgttgacagCTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTTCTTGAGCGATATGTGAACCTTGGACCCATCGTGGACTTCTGTGTGGTTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g51480.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g51480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G402002_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
gtggtggtcatgccctaatttcaatgcatgcgtgtgctttatgcagaaaaagtaaatttcaat-tcgttctgtatgt---tgacacaaatattgttgttga--cagCTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTTCTTGAGCGATATGTGAACCTTGGACCCATCGTGGACTTCTGTGTGGTTG
|| |     ||||  |  | ||  | |||   |      ||     |||||| |||   || | |  ||| | |  |   | ||| | ||  | || ||||  ||||| || || || || |||||||||||  |||  ||||||| ||||||| ||||||| || ||||| || |||||||| || ||||||||||| |||||||
gtaggtcaaatgcttttttgtccttccatttctccatgctagatgtaaaaagaaaaacccattgttcttcggaacatgcctcacaaacattctatttttgaaacagCTGGTGAAGCTGAACCTCCAAGCTGATGCAAGCGGTTCATTTGTTGAAATTCTTGAACGGTATGTTAATCTTGGACCGATTGTGGACTTCTGCGTGGTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86904800|gb|CI310593.1|CI310593
EST:     ATCTCGATAATGGTGTTGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAG                         CTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT
genomic: ATCTCGATAATGGTGTTGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAGgtgagttaat ... ttgttgacagCTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT
EST: gi|2309742|gb|C25897.1|C25897
EST:     ATCTCGATAATGGTGTTGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAG                         CTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT
genomic: ATCTCGATAATGGTGTTGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAGgtgagttaat ... ttgttgacagCTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT
EST: gi|29669278|gb|CB665553.1|CB665553
EST:     ATCTCGATAATGGTGTTGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAG                         CTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT
genomic: ATCTCGATAATGGTGTTGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAGgtgagttaat ... ttgttgacagCTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT
EST: gi|58673573|gb|CK062259.1|CK062259
EST:     ATCTCGATAATGGTGTAGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAG                         CTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT
genomic: ATCTCGATAATGGTGTTGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAGgtgagttaat ... ttgttgacagCTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT
EST: gi|29634960|gb|CB639969.1|CB639969
EST:     ATCTCGATAATGGTGTTGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAG                         CTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT
genomic: ATCTCGATAATGGTGTTGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAGgtgagttaat ... ttgttgacagCTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT
EST: gi|86894503|gb|CI308252.1|CI308252
EST:     ATCTCGATAATGGTGTTGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAG                         CTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT
genomic: ATCTCGATAATGGTGTTGTCTACGTTGGTTCTCGATTTGGTGATTCACAGgtgagttaat ... ttgttgacagCTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaaaaagtaaatttcaattcgttctgtatgttgacacaaatattgttgttgacagCTTGTAAAACTAAATCTCCAAGCTGACCCAAATGGTTCATATGTTGAAGTTCTTGAGCGATATGTGAACCTTGGACCCATCGTGGACTTCTGTGTGGTTG
                            tgttgac  putative branch site (score: 3)
     agtaaatttcaatt  TA-rich tract