Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtccagaaatgttatttgtttttaaaaagcttaatgacttccaccaacttaaactgtcgagatgaagataacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.4
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G312026_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
gtgagtccagaaatgttatttgtttttaaaaagcttaatgacttccaccaacttaaactgtcgagatgaa-gataacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT
                  |  ||||  ||   | |||||| |||   ||| |    |||| |    | || | | | |    ||  | ||  |  | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||  || |||| ||||||||||||||  ||||||| || |||||||| || |||||   ||| ||||| ||||
-----------------gtgagtttagaatttgtttaatggcttttgccacccc--actgcctcattaaatgttgaaaaaaattactggtgattcgaacagGATGATGCTGATGCTGTAAATGTCTGGAACCTGCGGAAGTGTAGTGCTGCTGGGTTGGATGTTCTCTCTAATGTGTTTGGTGACAGCATCCTTCCAACTT

upper sequence: LOC_Os04g59494.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
gtgagtccagaaatgttatttgtttttaaaaagcttaat-------gactt---ccaccaacttaaactgtcgagatgaagat--aacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT
||||||  ||||   |  ||| |||||||     ||| |       || ||   | |||||||||     || |  ||||  |  || |     |  ||||  |  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||| ||||||||||||||  ||||||| || |||||||| || |||||   ||| ||||| ||||
gtgagtttagaat--tcgtttctttttaagccatttagttttgatggattttgccaaccaacttacctcatcaatttgaatgttgaaaaaaaactacttgtgattcgaacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTCTGGAACCTGCGGAAGTGTAGTGCTGCTGGGTTGGATGTTCTCTCTAATGTGTTTGGTGACAGCATCCTTCCAACTT

upper sequence: LOC_Os04g59494.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: PP1S15_486V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 12
-------gtgagtccagaaatgttatttgttttta----aaaagcttaatgacttccaccaacttaaactgtcgagatgaagataacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT
        |   |  || |||   | | |  ||||    ||| |  ||   | |   |  | ||  |||  |     ||  |   |  |    ||||    | | |   | ||||| | ||||  | |||||   ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| |  | || |  || || || ||||| ||||| |      
aaaggtgttacatgtagtaatagcaatggcgtttaggtaaaacgtatagcaagtgtaataacctctaacaat-----tgccgcctatgtcaccttgtgagtgcagGATGATGATGACGCTGATATTATAAATTCGTGGAATTTGCGGAAATGTAGTGCTGCTGGACTAGATATATTATCAACAGTATTTGGGGATGAAATTCTCC------

upper sequence: LOC_Os04g59494.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: PP1S276_77V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 11
-----gtgagtccaga-aatgttatttgtttttaaaaagcttaatgacttccaccaacttaaactgtcgagatgaagataacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT
     || |  | |   ||   || | |  |||   ||   || | | ||     |   |   ||   |   |   | | |  ||    |||  | | | |   | ||||| ||||||  | |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||  | ||| |  | || |  || || || || || ||||| |      
gtggagttacccaaagtaagagtaatagccttttggaacgatagtaagtttgggaagtattttcttcggtattttcgcttatgttaccgtgtgattgcagGATGATGATGACGATGATATTATAAATTCTTGGAATTTGCGGAAATGTAGTGCTGCTGGATTAGATATATTATCAACAGTATTTGGGGACGATATTCTCC------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33797567|gb|CF324643.1|CF324643
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|29624708|gb|CB629719.1|CB629719
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|33678128|gb|CF306367.1|CF306367
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|29626307|gb|CB631318.1|CB631318
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|58662574|gb|CK051260.1|CK051260
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|58612862|gb|CK040574.1|CK040574
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|58672477|gb|CK061163.1|CK061163
EST:     AAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTA-TGCTGCT
genomic: AAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 60 (upstream exon), 62 (downstream exon)
Score: 29

GACTTGAAGCCCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caccaacttaaactgtcgagatgaagataacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT
                        agataac  putative branch site (score: 29)
                          ataacatt  TA-rich tract