Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtccagaaatgttatttgtttttaaaaagcttaatgacttccaccaacttaaactgtcgagatgaagataacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G312026_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
gtgagtccagaaatgttatttgtttttaaaaagcttaatgacttccaccaacttaaactgtcgagatgaa-gataacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT
                  |  ||||  ||   | |||||| |||   ||| |    |||| |    | || | | | |    ||  | ||  |  | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||  || |||| ||||||||||||||  ||||||| || |||||||| || |||||   ||| ||||| ||||
-----------------gtgagtttagaatttgtttaatggcttttgccacccc--actgcctcattaaatgttgaaaaaaattactggtgattcgaacagGATGATGCTGATGCTGTAAATGTCTGGAACCTGCGGAAGTGTAGTGCTGCTGGGTTGGATGTTCTCTCTAATGTGTTTGGTGACAGCATCCTTCCAACTT

upper sequence: LOC_Os04g59494.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
gtgagtccagaaatgttatttgtttttaaaaagcttaat-------gactt---ccaccaacttaaactgtcgagatgaagat--aacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT
||||||  ||||   |  ||| |||||||     ||| |       || ||   | |||||||||     || |  ||||  |  || |     |  ||||  |  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||| ||||||||||||||  ||||||| || |||||||| || |||||   ||| ||||| ||||
gtgagtttagaat--tcgtttctttttaagccatttagttttgatggattttgccaaccaacttacctcatcaatttgaatgttgaaaaaaaactacttgtgattcgaacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTCTGGAACCTGCGGAAGTGTAGTGCTGCTGGGTTGGATGTTCTCTCTAATGTGTTTGGTGACAGCATCCTTCCAACTT

upper sequence: LOC_Os04g59494.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: PP1S15_486V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 12
-------gtgagtccagaaatgttatttgttttta----aaaagcttaatgacttccaccaacttaaactgtcgagatgaagataacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT
        |   |  || |||   | | |  ||||    ||| |  ||   | |   |  | ||  |||  |     ||  |   |  |    ||||    | | |   | ||||| | ||||  | |||||   ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| |  | || |  || || || ||||| ||||| |      
aaaggtgttacatgtagtaatagcaatggcgtttaggtaaaacgtatagcaagtgtaataacctctaacaat-----tgccgcctatgtcaccttgtgagtgcagGATGATGATGACGCTGATATTATAAATTCGTGGAATTTGCGGAAATGTAGTGCTGCTGGACTAGATATATTATCAACAGTATTTGGGGATGAAATTCTCC------

upper sequence: LOC_Os04g59494.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: PP1S276_77V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 11
-----gtgagtccaga-aatgttatttgtttttaaaaagcttaatgacttccaccaacttaaactgtcgagatgaagataacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT
     || |  | |   ||   || | |  |||   ||   || | | ||     |   |   ||   |   |   | | |  ||    |||  | | | |   | ||||| ||||||  | |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||  | ||| |  | || |  || || || || || ||||| |      
gtggagttacccaaagtaagagtaatagccttttggaacgatagtaagtttgggaagtattttcttcggtattttcgcttatgttaccgtgtgattgcagGATGATGATGACGATGATATTATAAATTCTTGGAATTTGCGGAAATGTAGTGCTGCTGGATTAGATATATTATCAACAGTATTTGGGGACGATATTCTCC------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58612862|gb|CK040574.1|CK040574
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|29626307|gb|CB631318.1|CB631318
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|33797567|gb|CF324643.1|CF324643
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|58672477|gb|CK061163.1|CK061163
EST:     AAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTA-TGCTGCT
genomic: AAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|33678128|gb|CF306367.1|CF306367
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|58662574|gb|CK051260.1|CK051260
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caccaacttaaactgtcgagatgaagataacattgttttgttgtcgtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCTGGCCTGGATGTCCTTTCTAATGTTTTCGGTGATGACATTCTTCCTACTT
                        agataac  putative branch site (score: 3)
                          ataacatt  TA-rich tract