Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctgattcttctgtgaacaagcagtctttatcatactgttcacctcctgcccatttgccctatttctgtagctctagtttttgtattagtataacagctaaccacattacactttgtgttgtagGTGGAGCTTTATGCAGAGTATGAGCCAAGGATGCTAATACCCTTCCTCCGTACCAGTCAGCATTACAGGCTTGACAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g11880.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g11880.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G040247_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gtatgctgattcttctgtgaacaagcagtctttatcatactgttcacc-tcctgcccatttgccctatt--tctgtagctctagtttttgtattagtataacagctaacca--cattacactttgtgttgtagGTGGAGCTTTATGCAGAGTATGAGCCAAGGATGCTAATACCCTTCCTCCGTACCAGTCAGCATTACAGGCTTGACAAG
                           ||   | |  | |    ||   || || |||||| ||| |||  | | ||  |||| ||| ||| ||   | || | ||  | |  ||  ||  ||||  || ||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
---------------------------gtaccttttctgcctcccattgtcatgtccatttccccaattgttttttacatctactttgtgttttg--acaataacttgcaagtcaaaactgtttgcattatagGTGGAGCTTTATGCTGACTACGAGACAAGGATGCTACTACCCTTCCTTCGAACCAGTCAGCATTACAGGCTTGACAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|66914272|gb|CX101120.1|CX101120
EST:     CTCTGTTTGAGACAGACATGAATGCTGGAAAAGACTATCATGACATGCAG                         GTGGAGCTTTATGCAGAGTATGAGCCAAGGATGCTAATACCCTTCCTCCGT
genomic: CTCTGTTTGAGACAGACATGAATGCTGGAAAAGACTATCATGACATGCAGgtatgctgat ... tgtgttgtagGTGGAGCTTTATGCAGAGTATGAGCCAAGGATGCTAATACCCTTCCTCCGT
EST: gi|58692342|gb|CK081029.1|CK081029
EST:     CTCTGTTTGAGACAGACATGAATGCTGGAAAAGACTATCATGACATGCAG                         GTGGAGCTTTATGCAGAGTATGAGCCAAGGATGCTAATACCCTTCCTCCGT
genomic: CTCTGTTTGAGACAGACATGAATGCTGGAAAAGACTATCATGACATGCAGgtatgctgat ... tgtgttgtagGTGGAGCTTTATGCAGAGTATGAGCCAAGGATGCTAATACCCTTCCTCCGT
EST: gi|218492660|gb|FG966164.1|FG966164
EST:     GCTGG-AAAGACTATCATGACATGCAG                         GTGGAGCTTTATGCAGAGTATGAGCCAAGGATGCTAATACCCTTCCTCCGT
genomic: GCTGGAAAAGACTATCATGACATGCAGgtatgctgat ... tgtgttgtagGTGGAGCTTTATGCAGAGTATGAGCCAAGGATGCTAATACCCTTCCTCCGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agctctagtttttgtattagtataacagctaaccacattacactttgtgttgtagGTGGAGCTTTATGCAGAGTATGAGCCAAGGATGCTAATACCCTTCCTCCGTACCAGTCAGCATTACAGGCTTGACAAG
                          agctaac  putative branch site (score: 2)
        tttttgtattagtata  TA-rich tract