Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttgttagcttgagctttgtaactatgtgccctggtttcctcttatgcttcctgctgattccagcacctcccttaaatgcttaactgcagGGTGTACTGTCAGCTATTGTTTTGTCAGTTATGCCGATGATAAGACCATTCCAGTGGCAGAGTTTATTGCTTCCT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g05200.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g05200.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G107651_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtatgcttgttagcttgagctttgtaactatgtgccctggtttcctcttatgctt---cctgctgattccagcacctcccttaaatgcttaactgcagGGTGTACTGTCAGCTATTGTTTTGTCAGTTATGCCGATGATAAGACCATTCCAGTGGCAGAGTTTATTGCTTCCT
||||| || |    |||||| |||||||  ||||   | ||||| | | || |||   ||  || |||| ||  | || || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||| || ||||||||||| ||| | |||||||| 
gtatggtttt--atttgagcattgtaacagtgtgatttagtttcatgtcatccttgttcccactaattcaagtgcttctctcaaatgcttaactgcagGGTGTTCTGTCAGCAATTCTTTTGTCTATTATACCGATGATAAGGCCGTTCCAGTGGCAAAGTCTGTTGCTTCCG

upper sequence: LOC_Os03g05200.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: AT2G20320.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
gtatgcttgttagct-tgagctttg-taactatgtgccct-ggtttcctcttatgcttcctgctgattccagcacctcccttaaatgctta--actgcagGGTGTACTGTCAGCTATTGTTTTGTCAGTTATGCCGATGATAAGACCATTCCAGTGGCAGAGTTTATTGCTTCCT
    | | ||||  | ||  || || |   ||| |  | |   || | |     | |||     ||      ||| |    | |  |   |  | ||||||||||  ||||||| || ||  ||||  || | || |||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||| 
----gttagttaaatatgtcctctgatcgttatttatcttcaattacttgaggagattcaaatggaaatggtcacttgaactgaccggcaactattgcagGGTGTTTTGTCAGCAATAGTACTGTCTCTTGTACCAATGATTCGGCCATTTCAGTGGCAGAGTTTATTGCTTCCG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcctcttatgcttcctgctgattccagcacctcccttaaatgcttaactgcagGGTGTACTGTCAGCTATTGTTTTGTCAGTTATGCCGATGATAAGACCATTCCAGTGGCAGAGTTTATTGCTTCCT
                                           gcttaac  putative branch site (score: 3)
                                     ttaaat  TA-rich tract