1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...cctgttaattaaccatcatttgaatatggatcctttggtcaactggtcaactagttgcttagcaagcatatctaaaagttactacatctttttcttgcagTTTGGAAGGACCCATATTGGATCTCTGCCTTAAGTTAGTAAATGAAGCTGAATCAGAGAGGACTTCCTTCGCATTGAAATATCGTTCAAATGAAGATCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g20410.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTTCTGGCCCAAGCAAATGGAGAATGCTTGCAGCCTTTTTAAGACAGTG TTTGGAAGGACCCATATTGGATCTCTGCCTTNAGTTAGTAAATGAAGCTGAEST: gi|29677510|gb|CB673785.1|CB673785
genomic: TGTTCTGGCCCAAGCAAATGGAGAATGCTTGCAGCCTTTTTAAGACAGTGgtttgttcct ... tttcttgcagTTTGGAAGGACCCATATTGGATCTCTGCCTTAAGTTAGTAAATGAAGCTGA
EST: TGTTCTGGCCCAAGCAAATGGAGAATGCTTGCAGCCTTTTTAAGACAGTG TTTGGAAGGACCCATATTGGATCTCTGCCTTAAGTTAGTAAATGAAGCTGAEST: gi|58663049|gb|CK051735.1|CK051735
genomic: TGTTCTGGCCCAAGCAAATGGAGAATGCTTGCAGCCTTTTTAAGACAGTGgtttgttcct ... tttcttgcagTTTGGAAGGACCCATATTGGATCTCTGCCTTAAGTTAGTAAATGAAGCTGA
EST: TGTTCTGGCCCAAGCAAATGGAGAATGCTTGCAGCCTTTTTAAGACAGTG TTTGGAAGGACCCATATTGGACCTCTGACTTAAGTTAGTAAATGAAGCTGAEST: gi|29635134|gb|CB640143.1|CB640143
genomic: TGTTCTGGCCCAAGCAAATGGAGAATGCTTGCAGCCTTTTTAAGACAGTGgtttgttcct ... tttcttgcagTTTGGAAGGACCCATATTGGATCTCTGCCTTAAGTTAGTAAATGAAGCTGA
EST: TGTTCTGGCCCAAGCAAATGGAGAATGCTTGCAGCCTTTTTAAGACAGTG TTTGGAAGGACCCATATTGGATCTCTGCCTTAAGTTAGTAAATGAAGCTGA
genomic: TGTTCTGGCCCAAGCAAATGGAGAATGCTTGCAGCCTTTTTAAGACAGTGgtttgttcct ... tttcttgcagTTTGGAAGGACCCATATTGGATCTCTGCCTTAAGTTAGTAAATGAAGCTGA
gtcaactagttgcttagcaagcatatctaaaagttactacatctttttcttgcagTTTGGAAGGACCCATATTGGATCTCTGCCTTAAGTTAGTAAATGAAGCTGAATCAGAGAGGACTTCCTTCGCATTGAAATATCGTTCAAATGAAGATCAG
atctaaa putative branch site (score: 15)
ctacatctttttctt putative PPT
atatctaaaagtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cctgttaattaaccatcatttgaatatggatcctttggtcaactggtcaactagttgcttagcaagcatatctaaaagttactacatctttttcttgcagTTTGGAAGGACCCATATTGGATCTCTGCCTTAAGTTAGTAAATGAAGCTGAATCAGAGAGGACTTCCTTCGCATTGAAATATCGTTCAAATGAAGATCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - -tcatttg
- - - - - - - - - - - - - tggatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcaagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctacatc