Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tccttaatgcaaagggaattgcaagtgttctccaaattatatcctgttgatgcgagtggttttgttgattaactgatttcaaaaacgtatttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g03260.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G370852_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 13
tccttaatgcaaagggaattgcaagtgttctccaaattatatcctgttgatgcgagt-------ggttttgttgattaactgatttcaaaaacgtatttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC
   |   || || |  ||  ||||||| |||   |||| ||   ||||||   | ||       || |||| ||| | |  ||| |   || |    |   |||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | |||||| || || || ||||
--gtctgtg-aaggaaaacagcaagtgctctg-gaattctagtatgttgacatgtgtcatgtgtgggtttgatgagtgatggatctggtaacctggat---gtgcagGTCTGCGTGTCCACCACGAACAGGAACTTCCCGGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCGTCCCCCTACACCGCTGCAGCCTCGGCCC

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G010044_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
-tccttaatgcaaagggaattgcaagtgttctccaaattatatc-ctgttgatgcgagtggttttgttgattaac-tgatttcaaaaacgtatttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC
 |  ||       |  ||  | |  | ||     ||   | |   ||  || |  ||    ||| | |  ||  | ||| |     ||| |   ||  ||||||| || ||||| || ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || | ||| ||||| || |||||||
cttgttgtcattgattgatgtccttgagtctgtgaaggaaaacagctagtgctctgaa-attttagctcgttggcatgaatctggtaacctggatg--tgcagGTCTGCGTGTCCACCACGAACAGGAACTTTCCGGGCAGGATGGGCCACAAGGAAGGGCAAATCTACCTGGCGTCTCCCTACACTGCGGCTGCCTCAGCCC

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G133988_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
tccttaatgcaaagggaattgcaagtgttctccaaattatatcctgttgatgcg--agtggttttgttgattaac---tgatttcaaaaacgtatttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC
    || |  | ||    |||  | |     | | |    |  | |    |||        | | |||  || ||   ||  |     ||| |   ||  ||||||| |||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || || | ||||||||| || |||||||
---gtattatagagcttgttgtcatttgaaactacaaggaaaacagcaagtgctctgaaattctagtttgttgacacatggatctggtaacctggatg--tgcagGTCTGTGTGTCCACCACGAACAGGAACTTTCCGGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGAAAATCTACCTGGCGTCTCCCTACACCGCGGCTGCCTCAGCCC

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA14G40570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
----tccttaatgcaaagggaattgcaagtgttctccaaattatatcctgttgatgcgagtggttttgttgattaactgatttcaaaaacgtatttgg-gtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC
        |     |  |    ||  |  || | || | || |     || |||        || |   | ||| |||    |     ||||  | |  |||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||  ||||||| || |  || || || || || ||  
tgttcatctgccatatggttgcttttatatgctttctacataa----atgatgagattgagagtctgagtaatttactc-cattgcctacgtgctggttgtgcagGTTTGTGTTTCAACTACGAACAGGAACTTCCCGGGCCGAATGGGACACAAGGAAGGTCAAATCTATTTGGCTTCCCCTTATACAGCTGCTGCATCTGCAT

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA17G37540.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
-----tccttaatgcaaagggaattgcaagtgttctccaaattatatcctgttgatgcgagtggttttgttgattaactgatttcaaaaacgtatttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC
         |     |  |    ||     || | || | || |     || |||         | |   |  |||    |||    | |||    | | ||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||  ||||||| || |  || || || || || ||  
ttgttcatctgccatatggttgcttttgtatgctttctacataa----gtgatgagattgagaatctgagtatttactccattgtttacacgctggttg-tgcagGTTTGTGTTTCAACTACGAACAGGAACTTCCCGGGCCGAATGGGACACAAGGAAGGTCAAATCTATTTGGCTTCCCCATATACAGCTGCTGCATCTGCAT

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT4G13430.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 14
-----tccttaatgcaaagggaattgcaagtgttctccaaattatatcctgttgatgcgagtggttttgttgattaactgatttcaaaaacgtatttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC
     | |  | | |  |    | |       || ||   | |  | ||| ||  ||  ||||    |    |  |  || |||  |||| || |   | | ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||  ||||||| ||||| |||||||| || ||| | || || || | ||| || || || || ||  
gtacgtacccattacttaccctacttatccaattatctgcacttca-cctattcttgaaagtgagactaacaaagacgtgtttt--aaaatgttt---gttacagGTGTGTGTCTCAACGACAAACAGGAACTTCCCCGGTCGGATGGGACACAAAGAAGGGCAAATTTACTTAGCGTCTCCTTACACTGCTGCAGCCTCGGCTT

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: EDO97224 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 11
-------------tccttaatgcaaagggaattgcaagtgttctc-caaattatatcctgttgatgcgagtggttttgttgattaactgatttcaaaaacgtatttgggtgc-agGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC
             |||||| | ||   | ||    |  | ||||| |  |  ||| ||   ||  ||    | |   | ||     | |          || || |||  || ||||||| ||||| || || ||| | || ||||||||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| | |||||| || || || ||||
ccggctcccggcgtccttagtccat--gcaacca-atctcttctcactcaccatacccccctgccgc---cgctgccgctggccctccgc---------cgcatgtggccgccagGTGTGCGTGTCCACCACCAACCGCAACTTCCCCGGCCGCATGGGCCACAAGGAGGGCCAGATCTACCTGGCCTCGCCCTACACCGCCGCCGCCTCCGCCC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88458920|gb|CI555601.1|CI555601
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88512009|gb|CI439515.1|CI439515
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88227980|gb|CI227460.1|CI227460
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|33689599|gb|CF317838.1|CF317838
EST:     TTGTTTGGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTNGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAA
genomic: TTGTTTGGG-TGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGT-GTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAA
EST: gi|86483623|gb|CI126256.1|CI126256
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGAAACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGCCAGGATGGGGTACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|33822977|gb|CF337293.1|CF337293
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|12622341|gb|AU172554.1|AU172554
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88487301|gb|CI424572.1|CI424572
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTNTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86483569|gb|CI126202.1|CI126202
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGACACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|11442959|gb|BF430855.1|BF430855
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|29677182|gb|CB673457.1|CB673457
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86493658|gb|CI136291.1|CI136291
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|29632468|gb|CB637477.1|CB637477
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGAAACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88476609|gb|CI413880.1|CI413880
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|38477001|gb|CF961134.1|CF961134
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|89188800|gb|CI048536.1|CI048536
EST:     ATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGGATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: ATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|58666580|gb|CK055266.1|CK055266
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88507627|gb|CI435133.1|CI435133
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86503655|gb|CI146288.1|CI146288
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86873366|gb|CI341591.1|CI341591
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88491356|gb|CI428628.1|CI428628
EST:     TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGGCATGAATGAACCTATG                         GTGGTGTGTGTNGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAA
genomic: TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTC-GCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGT-GTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAA
EST: gi|88221360|gb|CI221316.1|CI221316
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|89189883|gb|CI049422.1|CI049422
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88487742|gb|CI425013.1|CI425013
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88901886|gb|CI374494.1|CI374494
EST:     TTGTTTGGGTGGTCCTCAGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: TTGTTTGGGTGGTCCTC-GTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|38478547|gb|CF962680.1|CF962680
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88265486|gb|CI376388.1|CI376388
EST:     TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGGCAGGATGGGGCACAA
genomic: TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTC-GCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCC-GGCAGGATGGGGCACAA
EST: gi|29658442|gb|CB654717.1|CB654717
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|29628819|gb|CB633830.1|CB633830
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|8528083|gb|AU092898.1|AU092898
EST:     GAATGAACCCTATG                         GTGTGTGTGTCNACGACGAAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCNCA
genomic: GAATGAA-CCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACG-AACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACA
EST: gi|29636583|gb|CB641592.1|CB641592
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|89192864|gb|CI050162.1|CI050162
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88223234|gb|CI223083.1|CI223083
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86527676|gb|CI167882.1|CI167882
EST:     CTTTTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88484716|gb|CI421987.1|CI421987
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88838468|gb|CI375016.1|CI375016
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|29616438|gb|CB621450.1|CB621450
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGT--CGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88271251|gb|CI387304.1|CI387304
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|38473459|gb|CF957591.1|CF957591
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATA                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86426072|gb|CI071169.1|CI071169
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|218490400|gb|FG966882.1|FG966882
EST:     CTTGTATGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGA
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGA
EST: gi|27921102|gb|CB096910.1|CB096910
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgatgcgagtggttttgttgattaactgatttcaaaaacgtatttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC
                              atttcaaaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tccttaatgcaaagggaattgcaagtgttctccaaattatatcctgttgatgcgagtggttttgttgattaactgatttcaaaaacgtatttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT