Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaaaaaaacatcttttctttctttatattatatattgtgatttgtgactataaatatgtttgaaaatgctatactaactgacattttattacattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAAGATACTGATAGCAAACAGAACAAAAAGGAGGAGTAGCACTCTAACAGCA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g02530.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86436738|gb|CI118460.1|CI118460
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88227056|gb|CI228536.1|CI228536
EST:     AATGGAGAAGTCATGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: AATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88246627|gb|CI246476.1|CI246476
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|86524533|gb|CI164739.1|CI164739
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88268455|gb|CI378390.1|CI378390
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|86536960|gb|CI177166.1|CI177166
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88509713|gb|CI437219.1|CI437219
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|3768652|gb|AU032679.1|AU032679
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGANTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|89190059|gb|CI013626.1|CI013626
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88967087|gb|CI392049.1|CI392049
EST:     GTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: GTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88260322|gb|CI362615.1|CI362615
EST:     TGATT-GTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88414263|gb|CI533633.1|CI533633
EST:     GTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: GTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88263333|gb|CI367107.1|CI367107
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88269221|gb|CI380519.1|CI380519
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88831057|gb|CI080481.1|CI080481
EST:     GTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAAGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: GTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|3764135|gb|AU030635.1|AU030635
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88960867|gb|CI382548.1|CI382548
EST:     ATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: ATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|86838884|gb|CI330313.1|CI330313
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGGA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88305006|gb|CI545377.1|CI545377
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|86505531|gb|CI148164.1|CI148164
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|29629872|gb|CB634881.1|CB634881
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|89180263|gb|CI044542.1|CI044542
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88841193|gb|CI080647.1|CI080647
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|86431949|gb|CI085560.1|CI085560
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|11026295|gb|AU162896.1|AU162896
EST:     TGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|89191319|gb|CI393172.1|CI393172
EST:     GTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: GTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|13896899|gb|AU183235.1|AU183235
EST:     TTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88428292|gb|CI562558.1|CI562558
EST:     TATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|8858846|gb|AU096164.1|AU096164
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88974741|gb|CI023037.1|CI023037
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88268306|gb|CI378241.1|CI378241
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88485318|gb|CI422589.1|CI422589
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88227079|gb|CI228559.1|CI228559
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCATGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88201253|gb|CI201608.1|CI201608
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|86603967|gb|CI114741.1|CI114741
EST:     TTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|86251700|gb|CI018892.1|CI018892
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|87031167|gb|CI259747.1|CI259747
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88838406|gb|CI373766.1|CI373766
EST:     TTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88365207|gb|CI540519.1|CI540519
EST:     AAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: AAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88836000|gb|CI371105.1|CI371105
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGGCTGAAGAGGAAGATGCTCTTGAAGA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAA-GGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGA
EST: gi|88321242|gb|CI532992.1|CI532992
EST:     GAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: GAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88480445|gb|CI417716.1|CI417716
EST:     GCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: GCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|89168583|gb|CI038937.1|CI038937
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|86428283|gb|CI074964.1|CI074964
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88295845|gb|CI532806.1|CI532806
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|29660567|gb|CB656842.1|CB656842
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|88200485|gb|CI200335.1|CI200335
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|29631479|gb|CB636488.1|CB636488
EST:     TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
EST: gi|86838298|gb|CI327689.1|CI327689
EST:     TTCACTGTTTAT-GAATGGAGAAGTCAAGCCA                         CTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA
genomic: TTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 44 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 13

CCTGCCCTCTTGTACATTGTTCCTGGTGTGATTGGTTTTGTTGCTGTTCACTGTTTATGGAATGGAGAAGTCAAGCCAgtaagtctgt ... acattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAAGATACTGATAGCAAACAGAACAAAAAGGAGGAGTAGCACTCTAACAGCA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gactataaatatgtttgaaaatgctatactaactgacattttattacattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAAGATACTGATAGCAAACAGAACAAAAAGGAGGAGTAGCACTCTAACAGCA
     taaatatgtttgaaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaaaaaaacatcttttctttctttatattatatattgtgatttgtgactataaatatgtttgaaaatgctatactaactgacattttattacattgccagCTCCTGGAGTACAACGAGTCAAAGGCTGAAGAGGAAGATGCTGTTGAAGAAGATACTGATAGCAAACAGAACAAAAAGGAGGAGTAGCACTCTAACAGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG