Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttttacggtttaccacagatgatatacgagagtttgtttttacggtttaattggtgaggctaaaacatgttttcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTGACTTGGCATCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g01100.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89168324|gb|CI109528.1|CI109528
EST:     GGCTAGTTATGGCGTTGTTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88266546|gb|CI377448.1|CI377448
EST:     TGGCGTTGGTTGGGTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: TGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|89167449|gb|CI038956.1|CI038956
EST:     GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88544177|gb|CI474251.1|CI474251
EST:     GGCTAGTTATGGGCGTTGGTTGTTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTAT-GGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88991353|gb|CI034688.1|CI034688
EST:     ACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: ACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|29678444|gb|CB674719.1|CB674719
EST:     GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88515198|gb|CI442852.1|CI442852
EST:     TCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: TCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88543000|gb|CI472364.1|CI472364
EST:     GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|27548100|gb|CA766182.2|CA766182
EST:     GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|86498766|gb|CI141399.1|CI141399
EST:     GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|40494256|gb|BX901140.1|BX901140
EST:     GGCTAGTTAGGGCTTTGTTTGTTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGCCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|18386237|gb|BM419436.1|BM419436
EST:     GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|29663318|gb|CB659593.1|CB659593
EST:     GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|86429995|gb|CI082418.1|CI082418
EST:     GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|29659581|gb|CB655856.1|CB655856
EST:     GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88253485|gb|CI352111.1|CI352111
EST:     GGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88840439|gb|CI079893.1|CI079893
EST:     GGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagagtttgtttttacggtttaattggtgaggctaaaacatgttttcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTGACTTGGCATCAG
                              ggctaaa  putative branch site (score: 3)
                                        tgttttc  putative PPT
     tttgttttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtttttacggtttaccacagatgatatacgagagtttgtttttacggtttaattggtgaggctaaaacatgttttcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTGACTTGGCATCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA