Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caaataacccaatccgaaattcgctcctatggggatttgaactcaggaccttggggtgctacacatcttcacatggttgatgatcttatcggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTAGAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g73970.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g73970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: AT1G08040.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
----------------------------------------------------------caaataacccaatccgaaattcgctcctatggggatttgaactcaggaccttggggtgctacacatcttcacatggttg-------atgatcttatcggttt----tgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTAGAT
                                                             ||     ||||     |    ||  ||   | | | ||     |    |   ||  | || | | |||| |||| |       |  ||||| |  ||||    ||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| || || 
gtttttgtttaactttattcacctttttacgatcggtattcacatgacccaaatttgtggcattgatgaatctacgttggtttctgattaagctatcaaaaggagtttgtctagtcttccagaccatcacttggtagcctaaaaacaatcttgtttgtttctggtgcagAATGATCTTGTTCATGGATGGGGTCTCGATTTTGCTCTCAGACGATGCGTTGAG

upper sequence: LOC_Os01g73970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv06s0004g02700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
--caaataacccaatccgaaattcgctcctatggggatttgaactcaggaccttggggtgctacacatcttcacatggttgatgatcttatcggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTAGAT
      | | |||    || | |  ||   |||   ||   |  |       | |  ||||    ||  ||   |       |  | |||  |   ||||||||||| ||||| |||||||||||  | ||||| || || |||||||||||||| 
cttttttcatccatgaggagagttcctttaatgta-atagcatattgtagtatagaagtgcacttcacttttttaacaaaagtc-ttttaatgtgcttgcagAATGATTTGGTGCATGGATGGGGATTGGATTTTGCACTTAGAAGATGTGTAGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86841951|gb|CI338360.1|CI338360
EST:     GATGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
genomic: GATGTGTATGGCATATGATTCAGgtatgacata ... ggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
EST: gi|58595145|gb|CF993453.1|CF993453
EST:     CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
genomic: CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtatgacata ... ggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
EST: gi|86536269|gb|CI176475.1|CI176475
EST:     CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATGTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
genomic: CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtatgacata ... ggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
EST: gi|86893421|gb|CI313341.1|CI313341
EST:     CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
genomic: CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtatgacata ... ggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
EST: gi|29663566|gb|CB659841.1|CB659841
EST:     CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
genomic: CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtatgacata ... ggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
EST: gi|3760914|gb|C98168.1|C98168
EST:     CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
genomic: CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtatgacata ... ggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
EST: gi|29641985|gb|CB646992.1|CB646992
EST:     CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
genomic: CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtatgacata ... ggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
EST: gi|86526488|gb|CI166694.1|CI166694
EST:     CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
genomic: CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtatgacata ... ggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
EST: gi|86888761|gb|CI307819.1|CI307819
EST:     CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA
genomic: CCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtatgacata ... ggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 31

CTTTGTTGAAATAATGGCCCCGGTGTTCTCCAGAGATGCATGGAGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtatgacata ... ggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTAGAT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggaccttggggtgctacacatcttcacatggttgatgatcttatcggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTAGAT
                             ggttgat  putative branch site (score: 31)
                                     atcttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caaataacccaatccgaaattcgctcctatggggatttgaactcaggaccttggggtgctacacatcttcacatggttgatgatcttatcggttttgcagAATGACTTGGTTCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTCAGAAGATGTGTAGAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - -aacccaa
- - - - - - - - - - -cgctcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgctac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgatg