Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctagctacatagatgcattctcggaatgtagtcatgtatgaatatcctcctggatagcatttgttttgatgcctaaactaatgcatatgctgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTATGCAGTGCAAGTTCGACCACCCACCCCCTCAGGAGGCTATCGCCAAGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g42970.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86487942|gb|CI130575.1|CI130575
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|38481213|gb|CF965302.1|CF965302
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|66918134|gb|CX104982.1|CX104982
EST:     TGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: TGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|88513161|gb|CI440667.1|CI440667
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTCCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|88219742|gb|CI219302.1|CI219302
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|88489755|gb|CI427027.1|CI427027
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|87024730|gb|CI259445.1|CI259445
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|55408600|gb|CV720976.1|CV720976
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|218499838|gb|FG962434.1|FG962434
EST:     TGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACACGTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: TGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTC-TTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|86540396|gb|CI180602.1|CI180602
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|86540864|gb|CI181070.1|CI181070
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|88850558|gb|CI093239.1|CI093239
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|88834678|gb|CI077961.1|CI077961
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: gi|86426396|gb|CI071493.1|CI071493
EST:     CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG                         GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cctcctggatagcatttgttttgatgcctaaactaatgcatatgctgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTATGCAGTGCAAGTTCGACCACCCACCCCCTCAGGAGGCTATCGCCAAGG
             atttgtttt  TA-rich tract