1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...ctagctacatagatgcattctcggaatgtagtcatgtatgaatatcctcctggatagcatttgttttgatgcctaaactaatgcatatgctgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTATGCAGTGCAAGTTCGACCACCCACCCCCTCAGGAGGCTATCGCCAAGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g42970.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|38481213|gb|CF965302.1|CF965302
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|66918134|gb|CX104982.1|CX104982
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: TGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|88513161|gb|CI440667.1|CI440667
genomic: TGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTCCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|88219742|gb|CI219302.1|CI219302
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|88489755|gb|CI427027.1|CI427027
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|87024730|gb|CI259445.1|CI259445
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|55408600|gb|CV720976.1|CV720976
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|218499838|gb|FG962434.1|FG962434
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: TGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACACGTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|86540396|gb|CI180602.1|CI180602
genomic: TGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTC-TTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|86540864|gb|CI181070.1|CI181070
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|88850558|gb|CI093239.1|CI093239
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|88834678|gb|CI077961.1|CI077961
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTEST: gi|86426396|gb|CI071493.1|CI071493
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
EST: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAG GATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
genomic: CTGCTGAGGAGTCTGTGCAGCTTACTCTTGCTGGCCTACCAAGAAGAGAGgtaacatttc ... tgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGT
cctcctggatagcatttgttttgatgcctaaactaatgcatatgctgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTATGCAGTGCAAGTTCGACCACCCACCCCCTCAGGAGGCTATCGCCAAGG
atttgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctagctacatagatgcattctcggaatgtagtcatgtatgaatatcctcctggatagcatttgttttgatgcctaaactaatgcatatgctgatatgcagGATGCCGTGGTATGTGCCTTCTACATGAAGACTGGCGTGTGCAAGTTTGGTATGCAGTGCAAGTTCGACCACCCACCCCCTCAGGAGGCTATCGCCAAGG
- -gctacat
- - - - - - -tgcattc
- - - - - - - - - - - - - - - - -atgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgcata