1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
gtaagttgttaacagtctgtggtaattttggatgtaataatccccttacatcatttttgtcttgtgtgtagCCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGTCACATGACAAGAATAACCAACAAGCTTATTCAGTTGGGAAGCAGTAACG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g40340.2 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAGAGTCTACTGGG CCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGTEST: gi|29680847|gb|CB677122.1|CB677122
genomic: ACAGAGTCTACTGGGgtaagttgtt ... ttgtgtgtagCCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGT
EST: AAATTCTTGCCGCGGAAAAACTTTCTTCTTTGTCAACAGAGTCTACTGGG CCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGTEST: gi|58679221|gb|CK067908.1|CK067908
genomic: AAATTCTTGCCGCGGAAAAACTTTCTTCTTTGTCAACAGAGTCTACTGGGgtaagttgtt ... ttgtgtgtagCCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGT
EST: GGAAAAACTTTCTTCTTTGTCAACAGAGTCTACTGGG CCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGTEST: gi|29680806|gb|CB677081.1|CB677081
genomic: GGAAAAACTTTCTTCTTTGTCAACAGAGTCTACTGGGgtaagttgtt ... ttgtgtgtagCCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGT
EST: AAATTCTTGCCGCGGAAAAACTTTCTTCTTTGTCAACAGAGTCTACTGGG CCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGTEST: gi|29612947|gb|CB617960.1|CB617960
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EST: AAATTCTTGCCGCGGAAAAACTTTCTTCTTTGTCAACAGAGTCTACTGGG CCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGTEST: gi|88417264|gb|CI576338.1|CI576338
genomic: AAATTCTTGCCGCGGAAAAACTTTCTTCTTTGTCAACAGAGTCTACTGGGgtaagttgtt ... ttgtgtgtagCCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGT
EST: AAATTCTTGCCGCGGAAAAACTTTCTTCTTTGTCAACAGAGTCTACTGGG CCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGTEST: gi|58689270|gb|CK077957.1|CK077957
genomic: AAATTCTTGCCGCGGAAAAACTTTCTTCTTTGTCAACAGAGTCTACTGGGgtaagttgtt ... ttgtgtgtagCCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGT
EST: AAATTCTTGCCGCGGAAAAACTTTCTTCTTTGTCAACAGAGTCTACTGGG CCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGT
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ctgtggtaattttggatgtaataatccccttacatcatttttgtcttgtgtgtagCCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGTCACATGACAAGAATAACCAACAAGCTTATTCAGTTGGGAAGCAGTAACG
cccttac putative branch site (score: 3)
tttttgtctt putative PPT
atgtaataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttgttaacagtctgtggtaattttggatgtaataatccccttacatcatttttgtcttgtgtgtagCCTACTATACCTTCAGATGGTAAATCGATTCCCAAAATTGGGAATATTGGTCACATGACAAGAATAACCAACAAGCTTATTCAGTTGGGAAGCAGTAACG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT