1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...ccgaactgaaacgagcaatgctataacttcaatcaggcagtcattccatcagaagcattcaatgaaaagcccaaaatgatgatttttttttcttgtgcagCCATTTAGGCCGAAAGAAGAGTTTCGCGTGTGCGGCGGCTACATGACCCCGGAGTTCTCTGAGATGAGACTGAAGCAAGGGCATAAATACCATGGAAGTA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g38180.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGCATCTCTTGGAATAGACACTGCCGCAATGCATAGGGGCTTGGATCAG CCATTTAGGCCGAAAGAAGAGTTTCGCGTGTTCGGCGGGTACATGACCCCG
genomic: AAGCATCTCTTGGAATAGACACTGCCGCAATGCATAGGGGCTTGGATCAGgtactttttt ... tcttgtgcagCCATTTAGGCCGAAAGAAGAGTTTCGCGTGTGCGGCGGCTACATGACCCCG
ccatcagaagcattcaatgaaaagcccaaaatgatgatttttttttcttgtgcagCCATTTAGGCCGAAAGAAGAGTTTCGCGTGTGCGGCGGCTACATGACCCCGGAGTTCTCTGAGATGAGACTGAAGCAAGGGCATAAATACCATGGAAGTA
tttttttttcttgtgc CT-rich tract
aaaatgatgatttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccgaactgaaacgagcaatgctataacttcaatcaggcagtcattccatcagaagcattcaatgaaaagcccaaaatgatgatttttttttcttgtgcagCCATTTAGGCCGAAAGAAGAGTTTCGCGTGTGCGGCGGCTACATGACCCCGGAGTTCTCTGAGATGAGACTGAAGCAAGGGCATAAATACCATGGAAGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - -gaaacga
- - - - - - - gcaatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - -caggcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cattcca
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