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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtcaagatttctcttatcggcttattgtaatctttgctcaactgttgaaacatgacgtaatccctgaaacacataacatgatgcatttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g09320.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58656234|gb|CK044914.1|CK044914
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|218490049|gb|FG963619.1|FG963619
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCC-TGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|33676232|gb|CF304471.1|CF304471
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGG----                         -CTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|29642462|gb|CB647469.1|CB647469
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|218495881|gb|FG947063.1|FG947063
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTC-AAAACAG
EST: gi|29645565|gb|CB650572.1|CB650572
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|86848740|gb|CI294021.1|CI294021
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|33676868|gb|CF305107.1|CF305107
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGG----                         -CTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|14192240|gb|AU184451.1|AU184451
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|58673473|gb|CK062159.1|CK062159
EST:     GGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: GGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|58670000|gb|CK058686.1|CK058686
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|58672496|gb|CK061182.1|CK061182
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|58681408|gb|CK070095.1|CK070095
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|58607251|gb|CK035284.1|CK035284
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|218502862|gb|FG946696.1|FG946696
EST:     GGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: GGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|58671508|gb|CK060194.1|CK060194
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGAT
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGAT
EST: gi|218499296|gb|FG965743.1|FG965743
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|58665642|gb|CK054328.1|CK054328
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|33676662|gb|CF304901.1|CF304901
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGG----                         -CTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
EST: gi|58597534|gb|CK008062.1|CK008062
EST:     TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAG                         GCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
genomic: TTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 121

GGAACAGCATCTGTGGTCCTTGCAGGTCTTTTATCATCACTAAAGGTGGTTGGTGGAACCCTGGCTGAACACACTTATTTGTTCCTTGGTGCTGGTGAGgttggtcaag ... ttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG




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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgttgaaacatgacgtaatccctgaaacacataacatgatgcatttgcatgcagGCTGGAACTGGTATTGCAGAACTCATTGCTCTTGAGATTTCAAAACAG
                             acataac  putative branch site (score: 121)
                               ataacat  TA-rich tract