Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtgtactttgattaatttattgtttatctttctgcataagttaatgtttttgattgactgaggcttgagactttttttgcaacctgatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGACAAAACCTATGACCTTAACTTCAAGGAGGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g08550.3
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g08550.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G048371_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
gtttgtgtactttgattaatttattgtttatctttctgcataagttaatgtttttgattgactgaggcttgagactttttttgcaacctgatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGACAAAACCTATGACCTTAACTTCAAGGAGGAG
           || |  |  |  ||||||   |   |    |  | |   ||   | ||| |  | | ||     | || |  | | |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||
----------gttcaccagatatttgttttgttcagtattcacctgagacttgaagtttgtcatatgttt----ttcttatctctatctga-atgctagGTTGTCATCGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAGTTTTACAGTGACAAGGACCAAACCTATGACCTCAACTTTAAGGAGGAG

upper sequence: LOC_Os10g08550.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA09G28100.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtttgtgtactttgattaatttattgtttatctttctgcataagttaatgtttttgattgactgaggcttgagactttttttgcaacctgatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGACAAAACCTATGACCTTAACTTCAAGGAGGAG
                   || | | ||  |||         | || ||  | || ||  | | |   |   || |  |||      ||  | |   ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||||||||||| | || || ||||| |||
------------------gttgagttttcgtctactgagtctaatttatcatcttaatatatt-atattgctgattaattt------ctattcttacagGTTGTAATTGGGATGGATGTTGCTGCTTCAGAATTTTATGATAACAAGGACAAAACCTATGACTTGAATTTTAAGGAAGAG

upper sequence: LOC_Os10g08550.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA16G32960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtttgtgtactttgattaatttattgtttatctttctgcataagttaatgtttttgattgactgaggcttgagactttttttgcaacctgatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGACAAAACCTATGACCTTAACTTCAAGGAGGAG
               || | |  |||| ||    |     ||| ||| | | ||  ||    |  ||||   || |  |||      ||  | |   ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||| |||||||||||| | || || ||||| |||
--------------gttgaatctttgtcta---ctgaatctaatttagtatctt--ataacatatggct---gattagttt------ctattcttacagGTTGTAATTGGGATGGATGTTGCTGCTTCAGAATTTTACGATAACAAGGATAAAACCTATGACTTGAATTTTAAGGAAGAG

upper sequence: LOC_Os10g08550.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv16s0022g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
---gtttgtgtactttgattaatttattgtttatctttctgca-taagttaatgtttttg---attgactgaggcttgagacttttt--ttgcaacctgatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGACAAAACCTATGACCTTAACTTCAAGGAGGAG
     || | |  | |    ||| ||   | ||| | |  ||| | | |  || |   ||   |||   |  || || | | |   |  ||     ||  | | | ||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||  || ||||||| || ||||||||| | || |||||||| |||
gtaacttctctcatctttgaaatctaacttatatttcttagcacttattctatttgcatggttattatttttggttttacattcactgattattgacttttcttgcagGTTGTAATTGGGATGGATGTTGCTGCTTCAGAGTTCTATGATAACAAGGATAAGACCTATGACTTGAATTTCAAGGAAGAG

upper sequence: LOC_Os10g08550.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: EFJ32861 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 8
gtttgtgtactttgattaatttattgtttatctttctgcataagttaatgtttttgattgactgaggcttgagactttttttgcaacctgatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGACAAAACCTATGACCTTAACTTCAAGGAGGAG
                                     | | ||   |   ||||   || ||      |  | | |         |  |||| |   ||||| ||||||| |||||||||||||| || || || ||||| || ||||||||    || || ||||||||||||||||||
-------------------------------------gtagaaacaaggtttttctctttac---aattacaaagtg-------gaattgat-tctcagGTTCTCATTGGTATGGATGTTGCTGCATCCGAGTTTTACAACGAAAAGGACAAGCAGTACGATCTTAACTTCAAGGAGGAG

upper sequence: LOC_Os10g08550.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: EFJ14601 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 8
gtttgtgtactttgattaatttattgtttatctttctgcataagttaatgtttttgattgactgaggcttgagactttttttgcaacctgatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGACAAAACCTATGACCTTAACTTCAAGGAGGAG
                                     | | ||   |   ||||   || ||      |  | | |         |  |||| |   ||||| ||||||| |||||||||||||| || || || ||||| || ||||||||    || |||||||||||||||||||| 
-------------------------------------gtagaaacaagatttttctctttac---aattacaaagtg-------gaattgat-tctcagGTTCTCATTGGTATGGATGTTGCTGCATCCGAGTTTTACAACGAAAAGGACAAGCAGTACGACCTTAACTTCAAGGAGGAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58597616|gb|CK008144.1|CK008144
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATGGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|58689303|gb|CK077990.1|CK077990
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|58675782|gb|CK064469.1|CK064469
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|117224917|gb|CT845976.1|CT845976
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTTCTACA-TGACAAG-A
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATT-CTACAATGACAAGGA
EST: gi|29688336|gb|CB684611.1|CB684611
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|319908690|gb|HS977818.1|HS977818
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGNTTTCACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|33676058|gb|CF304297.1|CF304297
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|33687081|gb|CF315320.1|CF315320
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29678862|gb|CB675137.1|CB675137
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGAT
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGAT
EST: gi|319908492|gb|HS977620.1|HS977620
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|33674962|gb|CF303201.1|CF303201
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|428072|gb|D24220.1|D24220
EST:     TGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: TGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|218500949|gb|FG958836.1|FG958836
EST:     TTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: TTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29644081|gb|CB649088.1|CB649088
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAAGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCT
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCT
EST: gi|29665470|gb|CB661745.1|CB661745
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29667980|gb|CB664255.1|CB664255
EST:     AAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: AAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|396941266|gb|HO188475.1|HO188475
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29678863|gb|CB675138.1|CB675138
EST:     AAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: AAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|428358|gb|D24506.1|D24506
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGNTACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGG
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGG
EST: gi|23513780|gb|BU673306.1|BU673306
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCG
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCG
EST: gi|29619828|gb|CB624840.1|CB624840
EST:     TCTTGAGCTCTTGAAGACTGNCA-TTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCNGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: TCTTGAGCTCTTGAAGACTG-CAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29657924|gb|CB654199.1|CB654199
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACCATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|58606067|gb|CK034100.1|CK034100
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGACAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29665471|gb|CB661746.1|CB661746
EST:     ACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: ACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|33676198|gb|CF304437.1|CF304437
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|30228895|gb|CB966786.1|CB966786
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCG
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCG
EST: gi|29668592|gb|CB664867.1|CB664867
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29626887|gb|CB631898.1|CB631898
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29681677|gb|CB677952.1|CB677952
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAGAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GCTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|319908681|gb|HS977809.1|HS977809
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGTTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|30229421|gb|CB967312.1|CB967312
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTTGCTGCTTCG
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTT-GCTGCTTCG
EST: gi|2312016|gb|C28171.1|C28171
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|58673278|gb|CK061964.1|CK061964
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|58683046|gb|CK071733.1|CK071733
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|33676308|gb|CF304547.1|CF304547
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|33685910|gb|CF314149.1|CF314149
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29659230|gb|CB655505.1|CB655505
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|14192326|gb|AU184537.1|AU184537
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29682743|gb|CB679018.1|CB679018
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCGAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTTTCTACA-TGACA-GG
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATT--CTACAATGACAAGG
EST: gi|29678678|gb|CB674953.1|CB674953
EST:     TCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCCAAG                         -TTGTCATTGGAAT
genomic: TCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGC-AAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAAT
EST: gi|29623734|gb|CB628745.1|CB628745
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCT
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCT
EST: gi|33676730|gb|CF304969.1|CF304969
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|88401721|gb|CI591048.1|CI591048
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|218483031|gb|FG953128.1|FG953128
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29629934|gb|CB634943.1|CB634943
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGC
EST: gi|29667979|gb|CB664254.1|CB664254
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGC
EST: gi|58666297|gb|CK054983.1|CK054983
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAATGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|58662604|gb|CK051290.1|CK051290
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29664966|gb|CB661241.1|CB661241
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29644082|gb|CB649089.1|CB649089
EST:     GAAGACTGCAATTGAAAAGGGCTGGATACACTGGCAAG                         G-TGTCATTGGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGA
genomic: GAAGACTGCAATTGAAAA-GGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATT-GGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGA
EST: gi|29659075|gb|CB655350.1|CB655350
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|29684326|gb|CB680601.1|CB680601
EST:     TCTTGAGCTCTTGAAGACTGNCA-TTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCNGAATTCTAC
genomic: TCTTGAGCTCTTGAAGACTG-CAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTAC
EST: gi|58592547|gb|CF990855.1|CF990855
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
EST: gi|319908667|gb|HS977795.1|HS977795
EST:     GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG                         GTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC
genomic: GTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 382

GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAGgtttgtgtac ... gatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGACAAAACCTATGACCTTAACTTCAAGGAGGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaatgtttttgattgactgaggcttgagactttttttgcaacctgatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGACAAAACCTATGACCTTAACTTCAAGGAGGAG
      tttttgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtgtactttgattaatttattgtttatctttctgcataagttaatgtttttgattgactgaggcttgagactttttttgcaacctgatatggtagGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCTGCTTCGGAATTCTACAATGACAAGGACAAAACCTATGACCTTAACTTCAAGGAGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG