1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtatggtcttctagaatatatatgttattttcaacactccctccatcccaaaataagtgcaaccctctagttcaaatttgaactacaaggctgcacttattttgggacggagggagtatgtaccatgaatgtacttttttaatctttttctgcaaatctttgtagGTACTTGCTTTTGAAGCTGGAAGGAAAGGGAAAATCAGAGTTAACACCATATCTGCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g23810.2 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGTGGTGGCATGAGTTCAGCTAAAGCAGCTCTTGAGAGTGACACAAAA GTACTTGCTTTTGAAGCTGGAAGGAAAGGGAAAATCAGAGTTAACACCATEST: gi|88672973|gb|CI727088.1|CI727088
genomic: ATGGTGGTGGCATGAGTTCAGCTAAAGCAGCTCTTGAGAGTGACACAAAAgtatggtctt ... atctttgtagGTACTTGCTTTTGAAGCTGGAAGGAAAGGGAAAATCAGAGTTAACACCAT
EST: TTGAGAGTGACACAAAA GTACTTGCTTTTGAAGCTGGAAGGAAAGGGAAAATCAGAGTTAACACCATAEST: gi|29613729|gb|CB618742.1|CB618742
genomic: TTGAGAGTGACACAAAAgtatggtctt ... atctttgtagGTACTTGCTTTTGAAGCTGGAAGGAAAGGGAAAATCAGAGTTAACACCATA
EST: ATGGTGGTGGCATGAGTTCAGCTAAAGCAGCTCTTGAGAGTGACACAAAA GTACTTGCTTTTGAAGCTGGAAGGAAAGGGAAAATCAGAGTTAACACCATA
genomic: ATGGTGGTGGCATGAGTTCAGCTAAAGCAGCTCTTGAGAGTGACACAAAAgtatggtctt ... atctttgtagGTACTTGCTTTTGAAGCTGGAAGGAAAGGGAAAATCAGAGTTAACACCATA
agggagtatgtaccatgaatgtacttttttaatctttttctgcaaatctttgtagGTACTTGCTTTTGAAGCTGGAAGGAAAGGGAAAATCAGAGTTAACACCATATCTGCAG
ttttaat putative branch site (score: 3)
tctttgt putative PPT
aatgtacttttttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatggtcttctagaatatatatgttattttcaacactccctccatcccaaaataagtgcaaccctctagttcaaatttgaactacaaggctgcacttattttgggacggagggagtatgtaccatgaatgtacttttttaatctttttctgcaaatctttgtagGTACTTGCTTTTGAAGCTGGAAGGAAAGGGAAAATCAGAGTTAACACCATATCTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG